繼高雄市長陳菊拋出部會和國營事業總部南遷議題後，台南市長賴清德18日受訪時也表明，為了解決區域平衡的問題，總統府應遷到台南，行政院與立法院遷到中部；讓北部成為經濟中心、中部為行政中心、台南為政治中心。這是從他擔任立委時就有的主張，不是因為民進黨主席蔡英文當選總統，才有這種想法。
賴清德並指出，部會也可以適度南遷，例如環保署、文化部、勞動部等部會可以遷到南部，與當地特色做結合。選址則可以考慮在高鐵站附近，因為台灣已是一日生活圈，對平衡台灣是很好的做法。
至於未來有無可能出任閣揆？賴清德強調，相信蔡英文會找到最適當的人選擔任行政院長，協助她推動國政。他身為民選的台南市長，對市民有責任，未來會以市長身分，請台南5席立委做為後盾，爭取建設發展機會，守住這個價值。
「市長改選是3年以後的事，希望要選市長的人放寬心，改選離現在還是很遠的事，不必去想3年後的事。」、「不管任何人要參選下一任市長，目前立委的任務就是協助蔡英文推動改革國政，才不會辜負市民支持。」賴清德意有所指地說。
賴清德此言一出，在場人士立刻解讀他是暗示市長任期將會「做好做滿」，不會接任閣揆，故暫時不會有市長補選的問題，要有志參加市長補選的人耐心等待。但也有立委私下表示，「現在是這樣說，但如果蔡英文真的找上賴市長，或政局出現什麼變化，未來還是很難說。」
台南在總統和立委選舉交出漂亮成績單，賴清德18日特地率5位立委當選人和代表感謝選民支持。賴清德表示，這次英仁配在台南的得票率高達67.52%，是得票率最高的縣市；民進黨提名的5名區域立委不但全部高票當選，全國立委得票前3名也都在台南，其中包括全國最高票的王定宇和全國得票率最高的黃偉哲，後續將安排蔡英文與陳建仁到台南向市民親自謝票。
他同時指出，台南市政推動不能沒有中央支持，將要求中央儘速兌現在競選期間承諾事項，包括：中研院南部分院、會展中心、國家圖書館南部分館等建設，讓台南市早日脫胎換骨。
