立法院長王金平近日不斷在臉書上叫陣，邀請學運領袖陳為廷、林飛帆及新竹市立委候選人鄭正鈐及柯建銘共談國會改革，上週更發表聲明，抨擊民進黨團未提出黨版改革案，「迴避各界期待」。對此，柯建銘2日下午召開記者會，稱民進黨10年來不斷提出國會改革，卻都被國民黨阻擋。他回擊，王金平舉動是「政治操作」，而且「層次很低，不像我認識的王院長」，可見王「方寸亂矣！」
柯建銘表示，國民黨過去在國會一直是多數黨，多年來民進黨提出國會改革案，也不斷被藍營阻擋，光是這屆就高達1023次，沒想到國民黨卻在這屆會期只剩下1次院會時，突然提出國會改革，王金平還批評民進黨團迴避社會期待，「不懂邏輯是什麼，這種政治操作我看不懂」。
柯建銘指出，2004年大法官會議做出釋憲585號後，明確指出立法院有調查權，因此民進黨團從第5屆起，成立國會改革小組，對調查權、聽證權一直都有完整提案，卻都被國民黨阻擋將近11年，「這都是國會有清楚記錄的」。這屆民進黨團「化整為零」，改以尤美女委員個人名義提案，「上週五還是被擋」。他痛批，到底是誰在阻擋國會改革是很清楚的，「絕不接受任何誣衊民進黨的行為」。
柯建銘說，王金平在任期最後時刻想做一點事情，但已經太晚，政治操作痕跡也過於明顯，可行性亦不高。他向王金平及國民黨團公開喊話，稱國會調查權及聽政權的規範是要很嚴謹的，否則立委濫用調查權介入政治鬥爭，乃至於財團利益，「這是非常可怕的」，且監察院對於行政部門調查權是否要全部移撥到立院，也需要完整考量，「這是制衡行政權的武器，但也是一刀兩面，要很慎重」，不是逕付二讀交協商後，就能隨便通過的。他認為，國會改革是憲政架構問題，一定要謹慎處理。
對於王金平多次在臉書上叫陣，柯建銘也苦笑說，真的看不懂他在寫什麼，王說國會改革從新竹開始，「立法院在新竹嗎？」而且要他和陳為廷、邱顯智與鄭正鈐辯論國會改革，「這是武器不對等」，叫一些沒進過立法院的人來辯論，只是拉抬國民黨及時代力量的選情，要讓他無法當選。柯建銘說，若要棋逢對手的話，「兩黨最資深領袖來對談，這還比較有看頭」。
不過，對於兩人私交，柯建銘則認為「不傷」，談的都是公事，只是王金平臉書幕僚不懂得國會，只會政治操作，而且層次很低，反而會傷害王的形象，「跟我認識的王院長不一樣」，我「看他很難收拾殘局」，柯建銘笑說，他1日協商時還和王金平說，以前公道伯臉書小編比較強，「現在這些可能只有初中生程度」。
柯建銘也充滿自信的說，民進黨團版本3日出爐後，大家就會明白「我們全部面對」，外界期待朝野協商公開透明，「最希望透明的是我，才能看出柯建銘如何以小搏大、痛宰國民黨」，藍營很多人都怪王金平退讓，「其實不對，要怪我，他們(藍委)功力太差了」，若公開協商內容，了解他對預算、議事攻防及協商策略的熟稔，「你會歎為觀止」。
至於王金平上午說國會改革「沒什麼好辯」，柯建銘則說，要把這句話回敬給王，若想用新竹選局影響他，「出發點就是錯的」，「我跟這些小朋友辯論啊？當然大人對大人、承擔者對公道伯才有看頭吧！」他也指出，自己的民調領先，「明年我還是會在國會」，而王金平近日多次叫陣，顯見王「方寸亂矣」，「等著看『反擊的綠巨人』對抗『進擊的藍巨人』吧！」
