台南市議長跑票風波越演越烈，除了黨籍議員疑似收受賄款外，黨內同志也互咬，朝向政治陰謀論方向發展，令不少綠營支持者痛心。對此，民進黨蔡英文主席今(29)日晚間應邀出席「基督教長老教會在台宣教150周年研討會」前受訪指出，黨中央將於週三(12/31)中常會組成調查小組，進行整體調查，釐清真相。
針對台南市正副議長選舉，蔡英文表示黨內處理有三個方向。第一、希望中評會在最短的時間之內，對於這一次沒有遵從黨團決議投票的議員採取最嚴厲的處分，相信中評會在本週三就會做成最後決定。
蔡英文表示，其次，已請顧立雄律師組成律師團，對於在這次選舉過程中發生的事情進行不法事證的蒐證，尤其黨內很多議員都有掌握一些訊息，希望律師團可以完整蒐集，對於這次選舉當中發生的賄選或妨害投票，採取法律上的行動，同時也嚴正要求檢察官必須負起責任進行犯罪行為的調查和追究。
蔡英文說，第三，黨中央將在本週三中常會成立調查小組，對於此次正副議長選舉背後許多金錢及相關運作進行了解，也希望藉由調查小組的調查完整釐淸過程的真相。如果有牽涉到司法調查案件所需要的資訊，調查小組也會提供給檢察官，讓檢察官可以有效偵辦。
此外，對於媒體詢問有關正副議長選舉記名投票的主張，蔡英文表示，希望正副議長的選舉以後都採取記名的方式，來體現政黨政治和責任政治在地方議會選舉的情況，讓政黨與議員都可以體現選民所託付的責任。
至於媒體詢問國民黨主席參選人朱立倫也回應表態支持，蔡英文說說，「那很好啊，我們趕快讓這法案通過。」至於對媒體追問修法有無時間表？蔡英文則表示越快越好，如果兩黨都願意加入的話，很快的應該就可以讓這法案通過。
