外界質疑復興航空班機在澎湖發生空難時，能見度從1600公尺降為800公尺，可能是造成失事原因之一；對此，民航局副局長李萬里今（25）日上午表示，航管定時定點提供駕駛員天氣資料，駕駛也會回報情形，目前並沒有失事時間7點06分的能見度資料；但「飛機是飛行員飛的」，要重飛或是落地都是飛行員自己決定，在失事前，「我們只知道它（飛機）進去的時候，天氣是好的，飛行員也沒有說他遭遇問題」。
民航局副局長李萬里今日上午11點再度召開記者會指出，目前48位罹難者中已經確認33位身份，2位法籍旅客已經完成初步相驗等家屬相認，其餘13位仍待確認身分；而外交部已派相關單位聯絡法籍家屬，但還沒聯絡上。
李萬里表示，對於遺體辨識有困難的，衛福部已請牙醫師公會全聯會召集具空難鑑定經驗(大園、澎湖及新航等)的牙醫師成立空難應變小組，成員有8人，提供遺體襄驗協助。
有關10名受傷旅客處理部分，李萬里表示，衛福部協調國防部調派C130兩架，將受傷旅客後送台灣，5名送回高雄，分別送往高雄榮總1名、高雄長庚2名、 左營海軍醫院2名；2名送回台北，分別送往台北馬偕、林口長庚。另衛福部協調國防部調派一架直升機將1名受傷旅客後送高雄醫學院，1名旅客已出院，1名留在澎湖治療。
對於後續賠償問題，李萬里表示，後續賠償問題復興航空百分之百要負責，但是賠償金有多少，誰來負民事和刑事責任都要等後續調查，現在重要的是處理家屬善後事宜，談賠償時機還太早。
繼昨天兩場記者會後，今天記者也再度問到能見度從原本1600公尺降為800公尺，飛行員在失聯的短短2分鐘內來得及反應嗎？李萬里也重申，雲是會動的，駕駛員如果遇到此情況可以跟航管申請偏航、偏離，航管確認旁邊沒有飛機，就會讓它偏離，這個部分在全世界都是採取相同的作為。
媒體追問，能得知失事的7點06分的天氣能見度資料嗎？能見度到底有沒有達到降落標準？李萬里回應，他們採用定時定點預報，除了航管會提供航路上已知的天氣預報外，第二個駕駛員也有義務提供資料給航管。失事的7點06分那個時間是沒有預報的，因為無法事先知道幾點鐘出事，「我們只知道它（飛機）進去的時候，天氣是好的，飛行員也沒有說他遭遇問題」。李萬里說，就他個人看到的資料，從駕駛員決定要到馬公落地，「他（駕駛員）所有情況都是正常的情況之下。」
李萬里強調，「飛機是飛行員在飛的」，若飛行員覺得天氣不好，任何時間要重飛或要不要落地，飛行員都可以自行做決定，國際上做法都是這樣。
針對駕駛是否有疲勞駕駛情形？李萬里回應，現有的法規對飛行員飛行與休息時間，以及飛機起降，通通都有限制。他們將會再去調查，若真的有駕駛工作超時，或派遣不當的情形，將罰復興航空60-300萬元的罰鍰。
對於傳聞有潛規則，擔心返航或不飛會引起民怨，甚至傳有航空公司要求機師冒險飛行的情形，李萬里表示，「航空公司有沒有這個壓力，我不知道。但站在飛行員的立場來想，飛機平安起飛，平安的回來，我覺得這件事情是最重要的。」
