日前有報導指出，國內有多達500位教授在國科會計畫中，利用假發票核銷經費以詐領公款，而被檢調單位起訴，引發國內輿論的批評。對此，眾多學者表示，現行報帳制度僵化，立法院應盡快修法以改善研究的報帳制度。清大動力機械工程系榮譽教授彭明輝則認為，現行國科會制度已給予研究者經費上相當的彈性，經費核銷制度的僵化不再是問題，政府應該改變以往對於「核報程序」的過份拘泥，而對於「研究成果」更加重視。
新頭殼「開放編輯室」今（3）日邀請到彭明輝以及東吳大學政治學研究所研究生謝仁烜，對於國科會現行的報帳制度進行探討。究竟國科會的報帳制度如何進行？該制度又有何漏洞？研究教授及助理在報帳過程中，分別扮演什麼角色？
彭明輝表示，國科會早期的報帳制度是為了防弊，僵化而無彈性，一旦申請就必須報銷，因此，容易與廠商聯合作假帳，讓錢進入研究者的口袋。他表示，在研究之初，無法對各項費用做精準的預估，因此，制度必須有彈性，硬性要求依照項目核報，會造成研究者費用吃緊，在這樣的制度下，假帳問題難以避免。
但對於日前傳出的假發票事件，彭明輝表示不解，他認為，近幾年報帳制度的僵化問題已不復存在，現行制度已摒除僵化的細節，修正為設備、人事與公費共3大項目，而且項目間的經費可以互相流通，彈性相當大，「甚至對想要A錢的教授，我想不出需要做什麼假帳。」因此，他個人對於台、清大校長及中研院日前表示，應該將報帳制度更彈性化，並不贊成。
而在假帳的爭議上，有些研究者將責任歸咎於研究助理，彭明輝認為，研究者必須擔負管理責任，而且難以相信有多少研究生敢未經教授同意而亂搞，對於研究者的卸責，他表示「今天教授跟助理這件事，大學教授沒有學術尊嚴，我看不起就算了，不要耍賴到這種程度。」
彭明輝表示，國科會報帳制度的最大問題在於，過於關切「核報手續」而非「研究成果」，以「5年5百億」等政策為例，政府花了大筆錢卻「研究跟台灣不相關的東西，沒有任何真正目標。」
彭明輝認為，國科會應該效法民間研究機構，在經費內給予使用彈性，但對於「研究成果」必須嚴謹以待，而非在經費申請程序上設置太過「雞零狗碎」的防範，他表示，若研究者「有能力用一半經費做出別人3倍成果，你憑什麼不准他主持費拿更多？」
對於國科會研究經費，彭明輝也強調，國科會研究經費使用的是納稅人的錢，價值在於補貼研究，「而不是欠你的」，對於餐旅等細節費用，他覺得，研究者自行負擔一些小額項目並不過份，不要對此太過計較。
