日本福島核電危機讓全球反思是否該繼續投入核能發電，前中研院院長李遠哲曾提出若要減少二氧化碳排放量，核能是一個選項。在日本核災後，李遠哲接受財訊雙週刊專訪坦承，「現在要完全放棄掉核能，可能不容易，但是要繼續蓋嗎，則要做很大的檢討。」
對於氣候變遷的問題，李遠哲曾認為核能是一個選項來替代其他能源，但在日本發生地震後，他這次接受財訊專訪時則表示，氣候變遷若不去努力面對，可能100年後人類真的從地球上消失，所以當初他才會說核能發電是一個選項；但目前核電廠發展並不理想，發電後有95%能量會轉為核廢料，處理上很困難。
李遠哲也提到，像是地震等其他災變，可能會使核電廠成為更大的負擔，讓人不得不擔心，但現在要完全放棄核能不容易，至於是否要繼續蓋，也必須要做更多的檢討。李遠哲說：「日本要是知道九級地震會來，可能核電廠就不會蓋了！」，他認為包括對核能、地震的影響等都應重新評估。
李遠哲還透露一段當初台灣宣佈要蓋核四時的秘辛，他說，當時有一位加州大學化學系的教授Glenn T. Seaborg曾和他討論興建問題，Seaborg從艾森豪開始當了6任美國總統的原子能委員會委員長。
Seaborg當時建議，若台灣要蓋的話不要跟美國買，因為美國當時已20多年沒蓋過核電廠，型號只有一種，若電廠出問題，不但零件買不到，有經驗的人也不多。Seaborg認為相較之下，法國是整個國家在背負核能產業，各型號、零件充足，並有近500位專家負責解決問題，台灣沒有核能基礎，應向法國購買。
李遠哲表示，他當然相信專業的Seaborg的建議，而台灣後來核四發包給GE（美國公司），又轉包給日本和台灣一些廠商，過程不透明，所以自己有些擔心是否做得好。至於興建過程中有沒有問題，李遠哲也無法回答，只能說向美國買是不對的。
