九合一大選綁公投引發許多爭議，公投綁大選未詳盡規劃，導致投票日當天現場混亂，更有「邊開邊投」的最大爭議，中選會代理主委陳朝建對此不斷道歉，今(13)天在立法院內政委員會報告時表示，將提案修改「公民投票法」，修正共有7大重點，包括拉長公投準備期、鬆綁公投「應」綁大選的規定、縮短公投主文字數、人權議題不得公投、成案連署提出以一次為限等，陳朝建承諾半年內一定會提出公投案修正草案。
此次公投案中，針對同婚議題提出的公投案，對於人權是否可以納入公投？陳朝建表示，雖然公投通過後，是可以拘束政府施政、立法政策的形成，但仍是不可以違反憲法對於基本人權的保障，因此，將修法把限制或剝奪人權的事項排除在公投之外。
陳朝建指出，此次公投案數過多，籌備公投時間相較不足，因此，將修法由公投案公告成立後的「1個月起至6個月內」規定，參照完成公職人員補選投票的期限規定修正為「3個月起至6個月內」舉行公投投票。
另外，陳朝建更特別指出，公投綁大選反而導致投、開票作業延宕，因此，將公投「應」與全國性選舉同日舉行，改為「得」與全國性選舉同日舉行，得以增加公投舉行的彈性空間。
「以核養綠」公投連署曾發生過二次補件遭拒的爭議，對此，陳朝建表示，因戶政機關將無從確定名冊查對基準日，因此考量如果在連署期間可以分次提出連署人名冊將會造成不便，因此將修法明定連署人名冊提出以一次為限。
公投案主文字數太多，也讓人直呼看不懂，因此，修法的其中一個重點，即是縮短主文字數，由現行的100字以內大幅縮減為不超過30字。另外，公投相關規定中，也將比照選罷法，修法增列投票日不得宣傳公投的規定。
