針對這次院長遴選爭議，中研院11日致函總統府與立法院解釋，並稱「有股紛擾背後力量，意圖造成重啟院長遴選程序的議題」。總統府秘書長曾永權12日上午正式函復中研院，表示「遴選新任院長過程，於法尚無不合」。

總統府發言人陳以信12日表示，中研院分別致函總統府與立法院，就該院院長遴選辦法之解釋疑義提出書面說明，曾永權已於上午正式函復中研院，函中表示：「貴院此次依評議委員會會議規則相關規定遴選新任院長之過程，於法尚無不合，復請查照。」府方同時以副本知會遴選名單中之3位候選人。

中研院的書面說明指出，回顧這次院長遴選過程與結果，意外發生外界的諸多紛擾，或將院長候選人名單公布，或質疑評議會臨時更改投票方式，導致選舉無效，或進行人身攻擊，意圖使候選人新生憤怒與畏懼而自動放棄。

中研院認為，種種作為皆顯示，要造成重啟院長遴選程序的議題，而紛擾背後的力量，會成為主要的受益者，這樣的結果與一個進步社會所標榜的公理與正義大相違背。