總統馬英九日前視察「國家生技園區」時，因工程延宕，馬公開批評負責督導的中央研究院院長翁啟惠，曾任副院長的民進黨副總統候選人陳建仁則認為，就連集權的蔣中正都不會如此，應尊重學者。總統府25日反駁，工程落後與學術自由有什麼關係？

陳建仁24日赴汐止為時代力量立委候選人黃國昌站台，談到近日馬英九公開抨擊翁啟惠一事，黃國昌認為，中研院在學術上有獨立性，不應把它當成總統的幕僚單位，也不應用喝斥的方式處理問題；陳建仁也說，中央研不容政治干預，即使蔣中正也不會對胡適如此，因此最近馬的批評，讓他覺得很驚嚇，也覺得不尊重中研院及學者。

對此，總統府發言人陳以信反問陳建仁，「這是什麼邏輯？工程落後與學術自由有什麼關係？」他批評，難道為了學術自由，就可以容許公共工程進度嚴重落後？難道以後學術機構蓋房子，都可以用相同邏輯為工程落後狡辯嗎？

他更質疑，為何陳建仁要故意政治操作這項公共工程議題？尤其陳建仁自己也是生技專家，更曾是中研院副院長，難道不希望國家生技園區能夠早日如期如質完工？陳以信要求，陳建仁現在是民進黨副總統候選人，必須公開答覆以上問題，不容迴避。