自由經濟示範區欲以自由貿易港區的「六港一空」為基礎，政府認為有助經濟發展，不過，台聯立委葉津鈴今(18)日指出，根據審計部2013年決算報告，設有自由貿易港區的港埠總貨運量，2013年反較2007年減少2017萬公噸，而進駐廠商、委託加工者都不如預期；若自經區的推動效益預期，是建立在自由貿易港區的基礎上，「那就是誇大效益，根本就是不實宣傳，連審計部都給馬政府打臉」。

據國發會的說法，「自由經濟示範區」是經濟自由化的先行先試區域，在自由化、國際化與前瞻性的核心理念下，大幅鬆綁貨物進出、聘僱外籍專業人士與外商投資等各項限制，打造更為優質的投資環境。而自經區即是要利用原本自貿港區的「六港一空」，直接申請設置，但開放程度則再擴大，引發外界擔憂，自經區比自貿港區更不嚴謹，引進事業、運作管理的規範也不明確，恐傷害台灣自身的產業發展。

對此，葉津鈴引述審計部的決算報告指出，報告中提出對自由貿易港區政策成效的質疑，雖然自貿港區進出口貿易量有增加，但非自由貿易港區部分流失的貨物量更大，導致去年的總貨量反較2007年減少2017萬公噸。企業進駐家數也不如預期，2013年蘇澳港區預估進駐廠商4家只來2家；駐基隆港區之業者計16家，尚不及2004預估的28家，進駐廠商家數及就業人口數均未如預期。

葉津鈴表示，決算報告中也指出，進駐各自貿港區的業者計106家，其中從事委託加工行為者計18家，2013年度進、出口貨物貿易量值，分別為0.76萬公噸及1091億餘元，占全部港區進出口貨物貿易量值之0.05%及16.32%，且較2012年分別減少21萬餘公噸及10億餘元，表現明顯不佳。

審計部也提到，自貿港區業者租用者大多從事貿易、倉儲、物流、簡易加工等業務，尚未開展「前店後廠委外加工」的營運模式。因此，葉津鈴質疑，自由貿易港區政策已經推動10年都未能有前店後廠的營運模式，而自經區特別條例的施行期間只有10年，又如何能夠達到前店後廠的營運模式？

葉津鈴說，自由經濟示範區第一階段就是以自由貿易港區的「六港一空」為基礎，如果自經區的推動效益預期，是建立在自由貿易港區的基礎上，那就是誇大效益，根本就是不實宣傳，「連審計部都給馬政府打臉！」她批評，馬英九政府高舉自由貿易大旗，推動自經區，只怕是另有目的，恐如學者專家所說，若不是為了圈地炒地皮，就是為開放管制的中國農工產品免稅進口，並大開服貿的後門而已。