內政院部長李鴻源昨天將「苗栗大埔案」與「台南鐵路地下化案」混為一談，對此，台南市長賴清德今(22)日親自出席行政院會，表示李鴻源在發言前，並不了解2案在本質上的不同，2人今天並未在院會碰面，賴清德只好請內政部次長蕭家淇轉告，希望李鴻源可以公開說明，避免誤導視聽，造成負面效果。
賴清德說，南鐵地下化，是台南市各界爭取20年的重大建設，由民國98年行政院長劉兆玄所核定通過的，負責機關是交通部，這在公益性上是沒有問題的；再來，目前由行政院提出的版本，不論是在安全、效率、經費、時程以及對城市的衝擊以及景觀的效益上，也符合必要性的原則，他希望能盡快動工。
但是，賴清德強調，李鴻源的將2案混為一談，「我擔心造成社會的誤解，對於未來台南市推動重大建設產生極大的影響」。
賴清德進一步說明台南鐵路地下化案（即南鐵東移）與苗栗大埔案的3大不同，第1，苗栗大埔事件是採用區段徵收，而台南鐵路地下化則是一般徵收，第2，台南市政府也在法定以外，提供住宅照顧方案給土地被徵收的受害者，苗栗市政府則沒有，第3，台南鐵路地下化案的負責單位是交通部，大埔案的負責單位是苗栗縣政府。
針對李鴻源沒有出席行政院院會，賴清德表示「很可惜」，但他已經把訊息傳達給蕭家淇，希望李鴻源可以公開說明，避免誤導視聽，造成負面效果。賴清德也呼籲行政院長江宜樺與各部會首長，一定要清楚2事件的不同，切勿向李鴻源一樣錯誤的發言，如果造成南鐵停擺，對台南市民並不公平。
現場媒體追問，興建南鐵引發地方爭議，是否會再與自救會成員溝通，賴清德表示，溝通不嫌多，將會盡所能與民眾溝通，他說自己是地方的市長，有義務要照顧市民。他強調，會將補償做到最好，把當事人的損害降到最低，也就是說，非到必要關頭，不會採取強拆的手段，會花時間跟民眾溝通。
至於之後見到李鴻源會不會尷尬？賴清德回應，李鴻源是個豪爽的人，相信這是無心之過。
行政院發言人鄭麗文則在院會後記者會中補充指出，賴清德在院會中也強調，希望台南鐵路地下化工程能夠盡速動工，除此之外，他也感謝中央能將安平港列入自由經濟示範區。
