軍檢今(31)天宣布洪仲丘案偵結，共起訴陳毅勳在內的18人，但司法改革基金會傍晚發表聲明，批評軍檢辜負人民期待，有草率起訴、掩蓋事實與切割責任之嫌。此外，司改會也抨擊執政黨、行政院及國防部為平息眾怒，於小範圍內假意改革《軍事審判法》，有「以拖待變」之嫌，這種半調子的改革將會「後患無窮」。

司改會指出，洪仲丘案引發民怨沸騰的主因在於，軍事司法體系無法被人民信任，司改會以TVBS民調為例，指7成以上民眾對軍檢偵辦過程不滿意，且對軍檢會查明真相不具信心。這種對軍事司法體系的不信任，則是肇因於軍事司法「審檢不分」，軍檢和軍法官都由國防部主管，喪失司法系統的獨立和公正性質。

司改會說，1997年的釋字436號中，大法官就已經指出憲法第9條是保障一般人民不受軍法審理，而不是「反面解釋」成軍人必須「專屬」軍事審判機關管轄，因為憲法中並沒有這樣規定。據此，司改會認為，軍事審判乃「可有可無」之制度，若要有這樣的制度，也必須符合獨立、公正、正當的法律程序、憲法第77條(司法院為最高司法機關)、第80條(法官依法獨立審判)等司法權建置的基本原理。

司改會批評，1999年修正的《軍事審判法》沒將軍事司法系統一步到位的改正、回歸到一般司法系統，從現在看來，這項改革顯然徹底失敗，司改會呼籲，現在就是改革的契機，若不能全面廢除軍事司法體系，至少要先將「非戰時」的軍法案件移交一般司法機關處理，才能確保司法「獨立、公正」的基本功能，否則半吊子的改革，只會讓台灣「後患無窮」。