據菲律賓媒體《馬尼拉公報》（Manila Bulletin）今(17)日以頭版篇幅報導指出，他們已取得菲律賓海岸防衛隊（Philippine Coast Guard）對「廣大興28號」事件的初步報告。報告指出，台灣漁船是被當場發現「越界捕魚」，還發動引擎企圖衝撞菲國公務船，菲方是為了打擊非法捕魚的「壞人」而執法，只是在試圖停止「廣大興28號」動力時，才會對準引擎開槍，不慎誤擊到台灣漁民。對此，目前在馬尼拉的台灣調查團團長申佩璜則不予評論，只說「沒看到這份報告無法評論，但台灣有自己的報告」。

菲媒援用這份3頁的正式初步調查報告指出，負責執行海上巡邏的MCS-3001海巡船，5月9日在班塔延（Bantayan）約39浬外發現2艘捕漁船正在進行非法漁獵，便透過魚標找到台灣漁船的位置。菲國聲稱，他們以鳴槍和按喇叭警告，但台灣漁船卻朝著海巡船的船尾右弦衝撞，公務船指揮官只好下令開火攻擊「廣大興28號」的引擎，要抓非法捕魚的「壞人」，當時並不曉得有漁民中槍。

菲媒引述菲國國調局長羅哈斯（Nonnatus Ceasar Rojas）的話認為，菲國調查小組已將整件事情的事實與來龍去脈調查詳盡。

菲方表示，如果該事件獲得「必要的澄清」，菲方也願意派人來台探視中槍漁船以及船上漁民。

而為了調查「廣大興28號」事件，中華民國法務部、外交部及刑事警察局等單位組成17人調查團昨天抵達菲律賓，但菲國司法部拒絕與台灣聯合調查，台灣調查團上午前往中華民國駐菲代表處，強調調查團會持續調查，有進展會向大眾報告，法務部也持續與菲律賓溝通協調，希望能完成任務。