近年來，外交部陸續傳出13件公文外洩，包括2024年副總統當選人蕭美琴擔任駐美代表返國時，透過外交部要求關務署免私酒查驗，23瓶共15公升的酒品等，監院調查，雖然稱這「遭惡意扭曲內容並配合認知作戰之特定案件相關公文」，但也都認為「這些經比對公文內容雷」。有些公文竟然還是政院人員違規掃描複製的。
監委林文程、賴鼎銘及葉宜津就近年外交部外洩的公文提出調查報告。報告雖然遮蔽這13件公文主要，不過也說明其中幾項重點：
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1、 113年4月17日，暗網論壇「BreachForums」有帳號「Tonya」之不明人士，宣稱持有外交部外流達4GB容量之PDF格式文件，並要求以虛擬貨幣（泰達幣）交易，同時公開包含我與邦交國關係評估、駐美代表處電報等計7份公文內容以資佐證。
2、 同月19日，又有帳號「tonyb」之不明人士，於同一暗網討論串貼文，指時任副總統當選人蕭美琴透過外交部走私酒類（英文原文“TAIWAN VICE PRESIDENT HSIAO BI KHIM SMUGGLING ALCOHOL THROUGH THE MOFA”），且張貼2份公文佐證，並宣稱兜售更多文件。
3、 114年8月8日，暗網論壇「DarkForums」有帳號「MEM2FOX」，宣稱持有大量外交部公務文件，要求以5萬美金交易，並公開5份公文佐證，公文涉及外交部電子公文及財團法人致外交部部長之機密信函等。
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對此，監委調閱行政院、外交部、國家安全局等機關卷證，並於115年4月28日詢問行政院外交國防法務處處長、政風處處長、資訊處副處長，與外交部主任秘書、數位發展部資通安全署署長及法務部廉政署副署長等機關人員。
對於外交部於113年案發之初，當稱已排除機關公文系統遭駭，但114年再次發生同類事件，該部經比對公文內容雷同，研判損及機密性，卻以「第一級（輕微）資通安全事件」通報。後經法務部調查局提示兩案具有關聯性，且該部電子公文交換系統有異常登入紀錄，外交部重行清查後，才查得113年間即有駭客入侵跡象。
至於為何外洩，監委認為三原因：
1、 外部駭客威脅：係因機關資通安全防護未盡周延，致遭外部駭客入侵攻擊。
2、 員工無意疏失：係因機關人員資安意識薄弱，或曾將公文複製電子檔案存放於私人資訊設備或雲端空間，受駭侵造成公文外流。
3、 人員違法外洩：係因機關保密管控機制失靈，致內部人員蓄意違法外洩公文資訊。
對於113年間外流之「我與邦交國雙邊關係燈號評估」文書，係外交部陳報行政院秘書長之機密文件，此類機密文件應採取紙本簽辦、密封傳遞，且應禁止未經授權之複製。行政院承辦人員於內部作業過程中，違規掃描複製，肇生洩漏風險。
另查114年間外流之「臺灣民主基金會執行長致外交部部長信函」，為因應美國國家民主基金會（簡稱NED）經費遭凍結之緊急情況，並審酌該基金會114年度預算情形，研擬有關方案，用以支援與NED長期合作之關鍵國際民主人權非政府組織（NGOs），陳請外交部部長核示之書信。該文書卷面標列為「機密」，屬逕自列等之書信，外交部並無收文紀錄；惟查，該文書內容似涉及受託辦理之公務，應認具備「準公文書」性質。
監委批評，行政院部分，人員法遵及資安風險意識薄弱，逕自掃描複製機密文書成電子檔，致生外洩風險；外交部部分，對於所督導法人產製之準公務機敏資訊流出，未盡溯源釐清及監督管理之責。
監委還批評，本案涉及外洩之公文書，其收發文單位涵蓋國家安全會議、行政院（含經貿談判辦公室）、外交部、經濟部（含國貿署）、財政部國庫署、財政部關務署基隆關、各駐外館處及臺灣民主基金會等。究上揭機關（構）是否知悉公文外洩情事並落實內部行政清查，抑或因未能掌握洩密管道，致皆未依「政風機構維護公務機密作業要點」第17點規定，通報該管政風機構處理，導致相關機關均未能啟動內部清查，此有待廉政署協調釐清。
