前台北市長、民眾黨前主席柯文哲涉入京華城收賄、圖利、政治獻金假帳案及公益侵占、背信等多項弊案被羈押禁見及起訴，民眾黨立法院黨團主任陳智菡17日接受網路政論節目訪問時表示，柯文哲辯護人16當庭拿出函文指稱，法務部調查局在偵查期間曾回覆台北地檢署，將參選人賸餘的政治獻金用於支付參加公職人員選舉時准用的人事費用支出、公共關係費用支出，屬於政治獻金法賸餘款適用範疇，沒有違法。北檢回應，此函是調查局函報的調查情形，經檢察官認定於法不符。
北檢17日深夜發布新聞稿指出，陳智菡於網路政論節目所提及的函文為檢察官發交法務部調查局北部地區機動工作站，調查柯文哲政治獻金疑涉申報不實等案件，北機站再將調查情形函報北檢，並非「法務部回函」。檢察官偵查後認定，柯文哲政治獻金賸餘款並非直接支付給民眾黨相關黨工的人事費用，而是支付給木可公司、眾望基金會，再由木可公司、眾望基金會用於給付員工薪資。
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北檢續指，木可公司為營利事業，眾望基金會是公益法人，均與公職人員選舉無涉，因此以政治獻金賸餘款支付木可公司、眾望基金會員工薪資，並不符合「參加公職人員選舉使用」的目的。況且，去年1月總統大選結束後，短期內已無任何公職人員選舉，也非屬支付擬參選人的人事費用，因此有涉公益侵占的犯罪嫌疑，並提起公訴；至於北機站的調查意見，檢察官依據調查結果，認定於法不符，檢察官本於職權認定事實與適用法律，並不受此調查意見的拘束。
此外，台北地方法院審理京華城案及柯文哲政治獻金案，16日再度開庭，傳喚被告柯文哲、木可公司董事長李文娟、會計師端木正，並以證人身分傳喚前柯文哲競總財務長李文宗，由檢辯交互詰問。民眾黨17日晚間在臉書發文寫下「台北地方法院審理京華城案，檢察官念出柯文哲手機LINE訊息，許多訊息跟案情根本無關」、「這些詰問到底是要鞏固起訴書證據，還是帶著政治目的要毀人名節、人格追殺？」等語。
對此，北檢也說明，柯文哲與李文宗之間的手機LINE對話紀錄，是證明柯文哲對民眾黨、眾望基金會、新故鄉協會及木可公司的財務，均有管理掌控能力的重要證據，具有證據能力，檢察官以此為詰問素材，是佐證柯文哲犯罪事實的必要方法。況且，柯文哲辯護人曾異議檢察官的詰問內容為政治偵防，也當庭被審判長駁回，並裁示檢察官的問題與本案犯罪事實相關聯，足證民眾黨的臉書貼文誤導事實，混淆視聽，應予澄清。
