對於翁啟惠涉及財產登記不實、違反利益衝突，遭彈劾一事，監院10日通過蔡崇義等3監委調查報告，替其翻案。不過，另為監委王美玉則提出不同意見書認為，翁啟惠雖然刑事官司無罪，不代表行政上沒有責任，我國究責公務員之違失行為，是採「刑懲並行」制度，翁啟惠之違失，縱經刑事判決無罪，仍得予以懲戒。
監察院司法及獄政委員會3月10日通過，蔡崇義、王幼玲、趙永清調查「翁啟惠案」，認為監院先前就翁啟惠於中央研究院長任內，未依法據實申報財產及違反利益衝突迴避處理原則，於106年7月4日通過彈劾成立，又經公務員懲戒委員會判決申誡。但經調查，關於翁啟惠沒揭露可能發生之利益衝突，先前經監院廉政委員會決議，認無具體事證足以認定他違反公職人員利益衝突迴避法。
至於翁啟惠未依法據實申報財產部分，經監院訴願審議委員會撤銷原處分，認定不是屬借名登記，該筆財產是以贈與方式予其子女，而其申報義務不及於子女財產，故無財產申報不實之情形。
不過，監委王美玉則提出不同意見書，認為翁啟惠就借名持有1,460張浩鼎股票證詞反覆不一。她認為，但翁啟惠與張念慈在被訴貪污案件審理中分別在調查局、士林地方法院偵審期間都明確表示翁啟惠借名持有浩鼎股票。直到107年4月3日就101年及102年財產申報不實案件訴願補充理由時才改口相關浩鼎股票早於101年即已贈與子女，隨後於108年3月14日公懲會答辯書也改口1,460張是子女的，但公懲會108年4月3日確定判決認定浩鼎股票為翁啟惠借名持有。翁啟惠再以監察院訴願審議委員會108年3月28日及109年2月27撤銷原處分之訴願決定書2次向公懲會提再審都被駁回。
王美玉說，翁啟惠如果改口主張浩鼎股票早於101年已贈與子女，而非其借名持有屬實，何須於103年4月向美國政府申報102度個人所得稅時，申報出售鄭秀珍名下浩鼎股票271張之實質所得？另外他在107年8月28日法院辯證時表示翁郁琇不可能有321萬美元，是他以自有財產處分所得支付。
王美玉說，國稅局認定翁郁琇名下3,000張浩鼎股票是翁啟惠以借貸321萬美元方式間接贈與。翁啟惠在被訴貪污案件偵審期間均主張他以自有資金贈與翁郁琇 321萬美元購買3,000張浩鼎股票(每股31元)，這321萬美元是向張借款，並於101年11月16日匯入翁郁琇帳戶；他在監察院調查及公懲會審理前期也採相同主張。另外，翁啟惠分別在102年1月及3月出售他借名鄭秀珍及A公司名下共931張浩鼎股票，來清償張念慈的借款(每股122元至177元)。
王美玉說，翁啟惠雖於107年4月3日財產申報不實案件訴願補充理由改口浩鼎股票自始即為子女所有，他早在98年10月12日時以電郵告知張念慈希望以2位兒女為投資名義人，並在108年3月14日公懲會答辯書改口1,460張浩鼎股票為子女所有，無贈與情事，並2次向公懲會提出再審均被駁回，再審判決認定:「股票既係翁啟惠以鄭秀珍之名義持有，在移轉予其子女之前，難謂該股票已屬其子女所有，其此部分辯解，亦無足採」。國稅局亦認定翁郁琇名下3,000張浩鼎股票係翁啟惠以借貸321萬美元方式間接贈與，而非以翁郁琇自有資金購買。再次證明 1,460張浩鼎股票非翁郁琇財產，就是翁啟惠借名持有！
王美玉說，彈劾翁啟惠案是刑懲並行制度，並非彈劾錯誤。第一、監察委員辦理案件係採「刑懲並行」原則，不會因為刑事在追訴中，行政責任就不追究。其次，刑事無罪，不代表行政上沒有責任，我國究責公務員之違失行為，係採「刑懲並行」制度，翁啟惠之違失，縱經刑事判決無罪，仍得予以懲戒。
王美玉稱，彈劾案文係依據調查報告而來，如果認為彈劾有問題，必須先推翻原調查報告，也就是要先進行覆查。根據監察法施行細則規定覆查的案件有3年時限的限制，及必須未經糾正及彈劾，本案是經彈劾通過，所以不符合覆查規定。正辦應該是去檢討覆查機制有無問題及如何救濟？
王美玉稱，彈劾案經審查會通過後，依公懲法規定監察院是當事人，是否對提出彈劾案且經懲戒法院決議懲處後，提出再審推翻懲戒法院的判決，應該就制度面是否周全研議救濟途徑，不應就個案因人設事，何況這次的調查報告是監察院對翁啟惠個人提出的第三本調查報告。
