7月3日「港版國安法」生效後3天，英文版全文始出爐，但中英文版本內文有出入，也引發許多爭議。
根據德國之聲報導，港版國安法6月30日深夜刊憲，但「英文版」僅首頁以英文書寫，其餘為中文。而中國新華網7月1日凌晨上傳英文版全部66項條文，首頁右上角寫「English Translation for Reference」（英文翻譯供參考）。但該法未正式入憲，故英文版條文不具法律效力。對此，律政司司長鄭若驊曾公開表示，港版國安法為「全國性法律」，由全國人大常委會制定並以中文版為準。
其中，中文版第9條列明，『港府應當加強維護國安和防範恐怖活動的工作，「對學校丶社會團體丶媒體丶網絡等涉及國家安全的事宜，采取必要措施，加強宣傳丶指導丶監督和管理；第10條列明港府應當「通過學校丶社會團體丶媒體丶網絡等開展國家安全教育」。』
可是英文版同一條文卻與中文不同，「including those relating to schools, universities, social organisations, the media, and the internet」中，在「schools」（學校）後面加入「universities」（大學）一詞，與中文版不對照。
根據香港《教育條例》，「學校」的定義包括一間院校向20人或以上，或於任何時間同時向8人或以上提供專上教育課程。換言之，「學校」本身已包括「大學」。
對此，香港浸會大學新聞系高級講師呂秉權向蘋果日報透露，這反映了北京針對大學院校的「整頓」特別關注，不希望讓港人有錯覺，以為被要求加強宣傳及指導的學校不包括大學。除此之外，在浸會大學任助教的屯門區議員張可森在社交媒體發文指，學術界是思潮萌芽的地方，「去年皇軍槍炮攻不下大學，現在用白色恐怖箝制思想」。
反送中運動後，外界擔心北京進一步收緊對香港高等學府的控制，八大校董主席挺國安法。香港八大資助大學校董會主席7月1日隨即發表聯合聲明支持國安法實施，「呼籲大學持份者繼續緊守崗位，在學術自由丶文化多元丶廣闊國際視野這些傳統優勢下，為香港及下一代作出貢獻」。
然而，德國之聲發現，8大當中3大學校長為科技大學校長史維丶浸會大學校長錢大康和城市大學校長郭位沒聯署。其他5所大學的校長於6月1日發表聯合聲明，表示「理解訂立國家安全法的必要性」，並珍惜《基本法》所保障的言論丶新聞丶出版及集會自由等權利。其中聯署人包括，嶺南大學校長鄭國漢丶中文大學校長段崇智丶教育大學校長張仁良丶理工大學校長滕錦光和香港大學校長張翔。
