因涉嫌論文造假、去年11月宣布辭去台大教授的郭明良，針對中研院研究員阮麗蓉4日批評表示，去年11月他告知台灣生技醫藥發展基金會不再申請經費；同時，他也出示薪資帳戶紀錄表示，他自2016年4月1日起未再領台大薪資至今。
中研院研究員阮麗蓉4日在臉書貼出一份2017年1月24日的台大公文，內容為台大行文台灣生技醫藥發展基金會主辦的「TBF生技講座」，請領2017年獲獎人的獎助金，其中包括要求撥款250萬給郭明良。公文還提到，郭明良為台大「現職教研人員」。
阮麗蓉還說，「TBF獎座每年獎助250萬，連續10年，獎金可自由運用。楊泮池校長是TBF董事會成員之一。也就是説，郭教授不僅論文是假的，連公開説要(已)辭職也是假的」。
對此，郭明良透過電子郵件發出「設局陷害栽贓？真正目的？郭明良嚴正聲明」。他指出，2016年11月台灣生技醫藥發展基金會（TBF）辦公室人員於他提出辭呈消息見報後，立刻主動來電了解與確認，他當下即已明確回覆，新年度不會提出申請。
郭明良表示，日前見報之消息與台大公函，明顯可見是今年1月24日由台大研發處主動去函TBF之文件。他不能理解校方認定他違反研究倫理，且在獨立調查委員會調查前夕，為何在未告知他的情況下，主動推舉、提報他申請獎金？而公函為何迅速見諸媒體？他再次強調在此公函見報前，他完全不知情。
郭明良表示，他自去年4月1日起未領台大薪資至今，願提供薪資帳戶明細以茲證明。對於有心人刻意持續向媒體與網路放話，誣指他仍續領台大薪資之不實消息，極盡抹黑與踐踏他名聲，其真正目的抑或可謂司馬昭之心，路人皆知。
郭明良表示，「有心人士持續以不實言論，攻擊我且傷害我的家人、學生、朋友及邱委員（邱議瑩）。我深感痛心與憤怒，並且不再隱忍，對於不實的指控將採取法律行動」。
