關於我國漁船在沖之鳥礁附近公海捕魚時，遭日本扣押並強索保證金一事，行政院發言人孫立群28日在行政院會後記者會上表達政府的憤怒，「各位想想，在311大地震時，我們台灣是怎麼對待日本的？就像馬總統所說，現在用這種霸凌的行為對待台灣漁民，相當不妥。」

對於近日政論節目討論沖之鳥礁事件時，質疑我國政府反應過慢才讓「東聖吉16號」被扣押，孫立群表示，海巡署4月18日接獲日本通報，有4艘我國漁船在沖之鳥礁200浬內海域作業，盼勸離否則將上船取締，當晚就派船啟航應處。

孫立群強調，20日晚間接到通知，4艘船已經離開海域，尚有包括「東聖吉16號」的7船位於該海域內，漁業署除了提醒各船注意安全，外交部也跟日本保安廳交涉，要求不要影響我國漁船作業。他指出，日方是在24日展開追捕，25日扣押「東聖吉16號」。

對於準駐日代表謝長廷日前建議加強台日漁業協議，孫立群表示，漁業協議針對台日重疊的經濟海域，沖之島礁不在協議範圍內。他說，政府認定非常清楚，沖之鳥是礁，沒有任何維生能力，「與太平島完全是兩回事。」

孫立群表示，對於日本行為，我方非常憤怒，後續將採取外交途徑繼續交涉，但是還沒決定護漁啟程時間。