對於反微調課綱情勢激化，教育部長吳思華24日表示，教育部希望各界一起發揮智慧，現在是社會大眾一起決定台灣史觀的時刻，應該為台灣下一代做最明智的決定。不過，他也同時強調，103年課綱已經完備實施程序，在行政狀況下，要依法讓通過的事情繼續進行，「身為部長也沒權力停止」。
吳思華說，理解國人對部分史實、事件脈絡及國家定位都有不同觀點，教育部也希望，在對立觀點中取得最大共識，因此除了日前宣佈的教科書處理原則外，近日也請國教願規劃公開論壇，參考其他國家的經驗，回顧與展望台灣的歷史教育；此外，也籌劃全國高中歷史教育高峰會，邀請高中老師、大學校長、學生代表和國教願與大考中心，一起探討台灣要怎樣的歷史教育與國家共識。
對於反課綱學生指出，23日教育部舉辦課綱座談會，但部長吳思華已返國，卻未現身座談，被認為誠意不足，才決定要衝進教育部，吳思華表示，一直以來，教育部都用各種管道與學生談，當學生包圍教育部時，各級主管也「隨時準備溝通」，但「學生沒表達何時能談」，他雖然人在國外，但也密切關注。吳思華強調，座談會本來就沒有規劃他要出席，但也不代表他不重視這件事情，「現場官員發言都代表教育部，不是只有我發言才有效」。
不過，媒體質疑，教育部稱微調課綱經過「專業學術認可」，但包括政大歷史系教授薛化元等人都反對課綱，顯示學術上仍存在爭議，教育部為何不先擱置爭議？吳思華則強調，課綱已經審議完成、經過公告，出版社也已完成教科書撰寫程序，在行政狀況下，任何人要改變，都必須經過同樣程序，「否則身為部長也沒有權利停止已經通過的事情」。
此外，吳思華指出，每個歷史學者對於課綱的意見都不相同，因此這些爭議「才更有值得學習的空間」，教育部刻意把新舊教科書差異挑出來，希望建成知識庫與補充教材，讓老師上課時，能客觀讓同學明白，這些問題原本就都有不同的見解，才能讓學生成長時，更周延的去思考。他也強調，課綱問題應該要「面對爭議、理性思辯」，讓學術問題回歸校園討論，而不是形成社會對立事件。
