針對2016總統選舉，檯面上的兩位總統參選人、民進黨蔡英文和國民黨準參選人洪秀柱，誰比較能領導台灣？前中研院院長李遠哲28日表示，「我比較看好蔡英文，因為她的眼界、還有做事的能力。」
第三勢力政黨「時代力量」28日上午舉辦第一波政見發表會，並邀請李遠哲演講，主題為「打造人類美好的未來」。演講結束後，面對媒體詢問2016總統選舉目前2位出線的參選者，最看好誰能領導台灣、打造人類美好的未來？李遠哲做了上述表示。
7月中旬，李遠哲將在台大一場論壇與蔡英文同台，媒體詢問是否可能表態支持蔡英文？李遠哲說，「不是表態不表態的問題」，有很多事情可和蔡英文討論，因為他當老師，希望能透過討論影響別人。
李遠哲也說，他與蔡英文有時會見面，且最近也見過面，但不是很頻繁，偶爾在一些場合見面。他說，通常和蔡英文討論環境、氣候變遷的議題，但蔡英文「沒有我想得這麼深，這我還要再努力。」
