根據《自由時報》今(12)天報導指出，台灣高鐵前董事長殷琪曾在2年前寫了一封密函給當時的閣揆陳冲，痛斥某「行政院高層」擋下高鐵原始股東版的融資案，另推財改案，並趁勢脅迫她交出高鐵經營權。對此，政院中午以新聞稿回應指出，該報導刻意牽扯高鐵財改案與現任閣揆毛治國的關係，捕風捉影，高鐵財務問題應回歸專業。
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根據報導指出，在長達8頁的信中，殷琪向陳冲反映，高鐵早在2007年就規劃融資清償，2008年，她為了挽救高鐵找上時任交通部長的毛治國，毛承諾解決，但條件是要她辭職，高鐵案改由政府主導，2009年，交通部另提債務重組案，最近又因爭議極大的財改案，導致交通部長葉匡時辭職，其間是否有關聯，引發外界聯想。
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報導也指出，當年毛治國和殷琪確實互動不佳。據轉述，毛治國曾在開會時當眾罵殷琪：「妳以為妳是土皇帝啊！」殷琪則私下向友人抱怨，毛治國認為高鐵公司是他的，擋融資案是為了把高鐵轉給馬政府所屬意的財團，而且毛有意自行擔任高鐵的CEO。
但對於前述報導，行政院發言人孫立群嚴正聲明，該報導內容絕非事實，刻意牽扯高鐵財改案與毛治國之間的關係，高鐵財務問題應回歸專業，不應罔顧事實，模糊焦點。
孫立群指出，毛治國於2003年8月離開公職後，任教交大期間，包含高鐵在內的多家民間企業均曾邀約毛治國，但毛均認為不適合，而選擇專任教職。孫立群進一步指出，毛在擔任交通部長時期，規劃高鐵第1次財務改革，銀行團於最後階段要求高鐵董事長等原始股東需個人擔保，殷琪隨後宣布請辭，所以，與毛治國並無任何關聯。另有關報導刊載毛治國對殷琪的發言並非事實。
孫立群強調，高鐵目前所面臨的財務問題，須仰賴專業及慎密的規劃，方能在顧及民眾行的權利和保障高鐵員工權益下，度過當前困境。外界不應罔顧事實，捕風捉影，模糊了當前的高鐵問題。
