國防部最高軍事檢察署今（31）日偵結洪仲丘案，兼任中國國民黨主席的馬英九總統下午在國民黨中常會召開前表示，該案對18位軍官提起公訴，國人都希望軍事法庭可以秉持勿枉勿縱的原則，依法公正審判。而國軍的存在是為了保國衛民，訓練要實在、紀律要嚴格，但軍人的人權與尊嚴不容侵犯。
對於洪仲丘案引發外界對於第三方介入軍法審判的關切，馬英九說，有關軍事審判，包括軍人在戰時及平時審判機關、偵查機關是否回歸司法機關，因為涉及《軍事審判法》、《陸海空軍刑法》、《陸海空軍懲罰法》等，他已要求行政院專案小組跟法務部、立法院保持密切溝通，積極推動修法工作。
馬英九表示，洪仲丘案的發生與發展，對於國軍當然有很大的衝擊。他上週三（24日）在這裡（黨中央）向洪仲丘家屬及國人鄭重道歉，並要求軍法及司法機關儘速合作、通力偵辦；上週五（26日）聽取國防部的檢討報告時，除了要求前國防部長高華柱及國軍各級機關、部隊、學校、首長，要利用各種機會說明洪案的處理方式與改革的必要外，「一方面要讓國軍記取教訓，但也要維護軍心士氣的穩定」。
馬英九指出，身為三軍統帥，在他領導的部隊裡，卻發生洪仲丘這種侵犯人權的事件，讓他感到痛心，但道歉是不夠的，「道歉完就是行動的開始」，這些行動還在持續當中，一定要藉機貫徹改革，讓類似事件不再發生，他也藉機謝謝大家給予的批評與指教，「我們會繼續在這條路勇敢走下去」。
