在88風災之後，中央今天召開「全國治水會議」，經濟部水利署長陳伸賢表示，中央已在99年度編列新台幣 774億預算治理水患，重要河川均納入整治計畫。但出席的南部縣市首長則紛紛抱怨，中央編列的預算太少，恐怕無法推動重建工作，擔心明年再發生重大災情。
由經濟部、經建會主辦的「全國治水會議」今天上午舉行，總統馬英九、行政院長吳敦義皆出席致詞。而受到莫拉克颱風重創的縣市首長也與會，包括高雄縣楊秋興、台南縣長蘇煥智及屏東縣長曹啟鴻，三人均對中央的治水預算編列過低，擔心重建工作無法順利推動。
經濟部水利署長陳伸賢今天在全國治水會議中指出，目前疏濬工程的進度有16件工程正在施工，已完成67萬立方公尺疏濬量。另外在財源籌措方面，行政院已同意由特別預算撥款60億辦理用地取得，幫助疏濬工程進行。
陳伸賢強調，希望在明年6月底完成總量2500萬立方公尺砂石疏濬的階段目標。
與會的台南縣長蘇煥智則表示，為加速河川的疏濬進度，應改變將河川土石當作「國有財產」必須加以保護的保守心態，朝向如何獎勵民間參與疏濬的角度，大開大合方式才能加快疏濬。
蘇煥智進一步指出，政府應徹底治水，擴大治水預算至4年5000億，同時應成立流域管理局，整合河川上中下游及海岸權責單位，有系統的治水，目前編列的疏濬經費過低，他擔心明年還會有災情。
高雄縣長楊秋興提出，政府應擴大8年800億縣 (市)管區域排水治水特別預算規模達5年3000億，全面系統化整治區域排水。面對政府疏濬速度太慢，預估要花56年才能將所有砂石淤積清除的情況，他建議政府應有非常手段，與民間合作疏濬，提供怪手清除淤泥，目標在砂石清理，而不應與人民斤斤計較價錢。
屏東縣長曹啟鴻認為，林邊溪目前存在截彎取直工程導致水患來時沒有緩衝區，以及地層下陷等問題，然而在89年改為縣管河川後，因為治水預算不足，才會在88風災中釀成災害。
另外，曹啟鴻表示，養殖業災情也很嚴重，政府應思考如何利用砂石填積改善養殖業環境。
