本土武漢肺炎（Covid-19，2019冠狀病毒疾病）疫情5月中旬爆發，台北市萬華區一度成為重災區，國民黨議員郭昭巖今（18日）質詢追問市長柯文哲是否同意「萬華是破口」，柯強調「不同意」；郭昭巖也問是否認為北市防疫作為比中央好？柯說，「我是認為好很多啦」、「好太多了啦」。
柯文哲下午赴台北市議會接受市政總質詢，郭昭巖質詢關注萬華因疫情受創議題，質疑破口不是萬華，而是中央決定機組員檢疫「3＋11」政策，柯文哲答詢稱，當時應該正確講，是機組人員管制沒做好，且機組人員檢疫放寬，市府竟不知情，他認為「3＋11」，因為境外感染進入台灣而有影響。
郭昭巖表示，據TVBS民調顯示，有5成6民眾不同意政府說「3＋11」與本土疫情無關，4成8民眾認為行政院長蘇貞昌應對「3＋11」政策道歉，4成7民眾則認為衛福部長陳時中應道歉，也有4成7民眾不滿民進黨在疫情表現，看起來北市防疫好像比中央好？柯文哲則回應，「我是認為好很多啦」、「好太多了啦」，並指自己是「清零前線」。
郭昭巖批評，中央把錯誤決策導致疫情破口責任推給萬華，真的一點都不公平，追問柯文哲是否認為蘇貞昌、陳時中要道歉？柯文哲說，他們認真做事就好了，不要太多意識形態，認真做事這樣就好。
