針對2014年12月29日東華大學多位教授召開記者會，控訴東華大學正經歷白色恐怖，直指校長吳茂昆主導「校務權貴」雖然涉及多項工程弊案，教師噤若寒蟬。東華教授表示，吳茂昆甚至以彈性加薪委員會主席身分，幫自己每年加薪3百萬，同時以虧損為由，只給助理19K低薪的指控。當時的東華校長吳茂昆也發佈聲明指稱，時他完全處於被動的角色，所謂詐領、溢領，不但子虛烏有，更是對我人格最大的侮辱。吳茂昆並強調，幾位教師不斷指控我黑箱治校，我完全無法接受，也期待教育部針對這些指控儘快調查，還給我們一個公道。
聲明的全文，在吳茂昆出任教育部長的消息傳出後，吳茂昆這分2014年的澄清明也出現在教育部line的媒體群組裡，主要原因也是新頭殼於2014年12月29日報導（東華爆多起弊端 教授怒控校長掌權似白恐）的事件，當時也被備受媒體關注，更於傍晚被轉貼到ppt，成為討論話題。
2014年12月29日當時的東華校長吳茂昆聲明全文如下：
針對近來，接二連三有關溢領案，以及校長濫權的指控，我個人完全無法接受，希望教育部儘快調查處理。但這些指控不僅對我個人，包括學校都已經造成傷害，身為東華大學校長，我有必要向大家說明。
讓我先簡述這些指控的重點，其中，監院調查報告認為我擔任講座教授，但未履行東華大學講座設置辦法所訂立的講座教授授課的義務，又支領學校頂尖人才獎勵金，違反同辦法不得領取相同性質補助的相關規定，應歸還溢領款項。此外，還有人陳情指控我以行政加簽聘任兩位副校長，違法失職，而我本人則坐領高薪，造成校務基金虧損。加上之前幾位教師於全教總指控我，在校內擅行白色恐怖黑箱統治，讓異議者噤聲。不但如此，他們又繼續指控我以校長職權之便，違法搶食原屬教師方得以參與分配的獎勵金，溢領薪給達年薪300萬，校務行政弊端叢生，因此要我應該知所進退。
事實上，這些指控已經困擾我跟大家很久了，我現在站出來說明，我希望，這不僅僅是釐清關於我個人名譽及社會觀感的問題，而更有助於制度的討論與建立。
首先，針對溢領部分，我必須說明，東華大學是在100年12月聘我為講座教授，聘期為101年1月23日到104年1月22日止，每月領取講座教授獎助金5萬元，而我是101年2月1日才正式就任校長，因此受聘講座教授絕對不是我上任後，所謂以校長職權之便，為自己加薪自肥的舉措。
至於我擔任校長之後的薪資加給，主要是經過學校學術獎助評審委員會（以下稱獎審會）的程序，認定我過去在科學界的研究成績，而給予頂尖人才25點，也就是25萬元的獎勵，但為考慮到是否與講座獎助5萬元重複領取，因此已先行扣除5個點數，所以實際核定頂尖獎勵為20點。
按理說，獎審會一開始就已扣除了我原本應得的5個點數，也就是說，我雖然有「講座教授」的獎助，其實是從頂尖獎勵扣下來的，因此根本沒有監院調查報告所指，溢領一百七十萬的問題。更何況，這些核定都不是我所決定的，我完全處於被動的角色，所謂詐領、溢領，不但子虛烏有，更是對我人格最大的侮辱。
當然，問題的關鍵如果是出在「講座教授」的名義，監院報告認定我因為沒有授課，所以未履行講座教授義務，雖然依教育部規定校長本來無須授課，且無專任教授應負的基本授課時數義務，而我自上任開始，就帶領同仁規劃各類研究計劃，但我也願意主動向學校審查單位申請撤銷「講座教授」的身份，正本清源的解決問題。
我認為，有關我濫用職權、溢領獎助金的指控，並非事實，我自認擔任校長以來，絕無違法失職，我的薪資所得也是經過正當程序核定，如果多數同仁認為我坐領高薪，與同仁搶食獎勵金，甚至造成校務基金的沈重負擔，我願意立即辭去校長一職。
其次，針對教師升等部分，我必須重申，教師升等是經由教評會三級三審程序，絕非校長一人所能操控，況且其中有任何問題，教師個人都可循相關途徑救濟，甚至透過各種管道發佈訊息、指控學校，何來噤聲之有？
我一再強調，涉及到升等制度的整體改善問題，才是作為校長應該著力的重點，事實上，我們已經和教師會及相關單位，一起努力推動多元升等方案的具體實踐。因此，幾位教師不斷指控我黑箱治校，我完全無法接受，也期待教育部針對這些指控儘快調查，還給我們一個公道。
以上我的聲明，希望有助釐清相關疑慮，但我知道指控不會到此為止，我僅期待，這些不實的指控不會被無限上綱的誇大與發酵，更不會影響我們對校務的推動，以及東華的整體形象，而讓我們辛苦經營校務的努力，毀於一旦。
小編hen推推~~
