在行政院長賴清德證實潘文忠上周四院會後請辭教育部長一職後，上周六辭呈即獲批准，並在今（16）天傍晚火速由行政院發言人徐國勇宣布新任教育部長將由中研院院士、前東華大學校長吳茂昆出任，本周四（19日）進行交接後隨即上任。不過，由於吳茂昆之前曾傳出溢領獎助金、東華大學校長薪資爭議及擁有美國籍等問題，徐國勇都一一澄清，並表示是否聘任管中閔為台大校長，由吳茂昆就任後依權責處理。
徐國勇說，吳茂昆是有史以來少數由科學家來擔任教育部長的，至於有關聘任管中閔為台大校長一事，賴清德日前已表示，管中閔及台大校長不是找教育部長的要件及條件，但這個問題就由吳茂昆就任後依權責處理。
至於吳茂昆過去任教東華大學時，曾傳出溢領獎助金情事，徐國勇則表示，在2014年確實有此報導，當時東華大學也發布聲明；吳茂昆是在2011年12月獲聘為東華大學講座教授，獎助金是5萬元，這是吳茂昆上任校長前聘任，並非當了校長之後的事，因此，與所謂的校長自肥「有所誤會」，而吳茂昆事後也發布聲明釐清事實。
對於吳茂昆擔任東華大學校長後，也出現過薪資爭議，徐國勇則解釋，國內每一所大學對於其獎助學金有其規定，東華大學的學術獎助評審委員會以吳茂昆的科學研究成績給予頂尖人才25萬元的獎助金，而吳茂昆先前領有講座教授5萬元，僅實領20萬元，而吳茂昆當時也強調，這並非自己擔任校長時通過的，「所謂詐領、溢領，不但子虛烏有，更是對我人格最大的侮辱」。
而曾有東華大學教授質疑吳茂昆徇私讓某教授升等，徐國勇說，大學升等有三級三審的制度，並非校長一個人可以決定，何況有問題也有救濟途徑，因此，經過後來的調查發現，並無相關爭議。
還有傳聞指出，吳茂昆擁有美國籍，徐國勇則表示，吳擔任過國科會主委、副主委職務，應該早已放棄美國籍。至於這項人事任命是否與蔡英文總統即將出訪有關，徐國勇則說，兩者沒有直接關係，潘文忠在上周六請辭獲准後，賴清德昨天在花蓮就曾與吳茂昆通過電話，今天稍早賴清德也在行政院當面向吳茂昆徵詢，然後就核定了這項人事案，並將於周四進行交接。
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