我國自15日起針對日本食品輸台，要求附上產地及檢驗合格報告，日方則表達強烈不滿。總統馬英九週一（18日）對此表示，他無意故意刁難、破壞台日關係，此舉是針對法律問題上的短期管制措施，只要台日雙方調查機關能盡快合作，找出偽造廠商、預防類似事件重演，就能重新開放。
馬英九說，2月初原本已經要開放福島以外的4縣市食品輸台，但卻在2月底發現有幾十家進口廠商假造產地標籤。他指出，日本可能污染產品進口台灣，檢測出來的結果都是安全的，因此這不是科學問題，而是法律上的偽造標籤問題，若不查清楚，產地是真是假，對消費者、政府和國會都無法交代。
馬英九強調，他將台日關係定義為「特別夥伴關係」，因此當然不會故意刁難、破壞雙邊關係，他也呼籲雙方調查機關要盡快合作，調查出偽造廠商、預防類似事件重演，就能將短期的管制措施取消、重新開放進口食品。
此外，對於美牛、美豬的進口問題，馬英九說，目前和美國關係平順，也會要求衛福部、農委會對外做更多風險溝通，讓大家了解相關議題。他希望美國能夠了解，台灣的市場都是開放的，只是對萊克多巴胺有限制，且美國出售給歐盟、俄羅斯和中國的豬肉都是沒有禁藥成分的，「希望不要因為這麼小的議題讓雙方關係受到影響」。
