中共組織「清華海峽研究院」滲透清華大學，違法在台成立分支機構「新竹辦公室」攬才一案，據專案小組最新決議，清華海峽研究院兩岸產業促進中心執行長黃小琛，疑涉違反兩岸人民關係條例第33條第2項、第22條之1第1款、第40條之2等規定，已由教育部函請黃小琛陳述意見，後續將認定有無違法並進行裁罰。
相關知情官員指出，中共有計畫藉由交流名義滲透台灣校園，吸納我高科技人才、技術赴中。北京清大受中共校委書記所控制，背後更有廈門市人民政府角色，「清華海峽研究院」專為政治服務，為實現兩岸融合發展而運作，非單純學術交流。
據調查，清華海峽研究院透過自強基金會名義，向清大校方承租校內育成中心5樓設立「新竹辦公室」，涉違反兩岸條例第40條之2規定，「大陸地區的非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在台設立辦事處或分支機構，從事業務活動」。
知情官員表示，兩岸條例第33條第2項規定，台灣地區人民、法人、團體或其他機構，不得擔任大陸地區黨務、軍事、行政或具政治性機關、團體之職務或為其成員，黃小琛卻擔任海研院兩岸產業促進中心的執行長。對此，清華大學校友總會稍早回應，黃小琛是清大校友和校友總會監事，但校友總會並不了解校友們在校友活動之外的其他面向，不便評論。
據了解，黃小琛今年10月已於清華海峽研究院兩岸產業促進中心離職。清華大學表示，黃小琛只是清大校友，1975年自核工所畢業，從未擔任過清大教職員，校方並不清楚校友的去向也無法聯繫上。至於黃小琛擔任校友總會監事一事，校方則尊重校友總會的運作，無法干涉或介入。
針對此案，教育部已邀集陸委會、經濟部在11月9日赴清大訪查，並於9日、17日兩度召開會議討論。專案小組決議，關於黃男疑涉違反兩岸條例的部分，已由教育部函請他陳述意見，並續行裁罰程序。
此外，經濟部也於11月17日發函給自強基金會，就其未依兩岸條例第33條之1第1項報經許可一節，進行裁罰前陳述意見，要求說明與清華海峽研究院往來情形。由於該案有多位清大校方人員涉違反兩岸條例規定，主管機關已就自強基金會、黃小琛等人涉案情形進行調查。
