國立清華大學校友會被揭露，未經許可就設立「清華海峽研究院」，也未向教育部申請，就透過在清大校內設立辦公室，為中國從事技術研發、攬才及投資等業務，已涉嫌違反「兩岸人民關係條例」。大陸事務委員會主委邱太三今（8日）於立法院備詢直言， 不會只有單一學校可能有這種問題，將和教育部一起看如何處理。
就多名立委關切，清華大學疑似被中共組織滲透的狀況。邱太三表示，不會是單一學校可能有這種問題而已，所以是請教育部通盤就各大專院校，讓校方知道這是違反「兩岸人民關係條例」的行為，教育部也已經積極做進一步了解，如果違反規定，就會按照規定來處理。
邱太三也說，學校跟文化的滲透，確實是問題．一般對於學術機關，政府單位通常因為尊重學術自主，所以比較少仔細去調查學校，但這樣會變成可能的破口，後續會和教育部看怎樣處理。
另就民進黨立委莊瑞雄等人關切，中共上週公佈「台獨制裁名單」的狀況。邱泰山強調，現階段這還應該只是政治上的宣示，大過於實質意義，中共後續的作為才是重點，陸委會會密切關注，先看對岸怎麼出招。
至於中共的文攻手段，以洗腦兒歌《坐上那動車去台灣》，在歌詞明確提及「坐上那動車去台灣，就在那2035年，去看看那，情歌阿里山，還有那神奇的日月潭」，是否有威脅意味。邱太山坦言，他還沒聽過。
