《聯合晚報》6日報導,2005年時任國安會秘書長的邱義仁與日方在沖之鳥附近海域達成默契,當日本漁船進入該區執法,我作業漁船就必須暫時退出該海域。對此,邱義仁稍早嚴正駁斥,強調這則報導內容純係憑空捏造,絕非事實,他要求聯合晚報應立即更正,澄清事實。

邱義仁說,媒體在撰寫相關報導時,應善盡查證義務,向漁業署等主管機關妥為查詢,以免錯誤訊息誤導輿論。

《聯合晚報》報導,台、日過去有「默契」,一旦日本漁船到沖之鳥200海里內執法,我作業漁船就必須暫時「退出該海域」,這形同承認日本在該海域的管轄權,源起自2005年10月我國漁船「龍榮二號」被日方扣押後,由時任國安會秘書長的邱義仁拍板,與日方達成「共識」,未來我方漁船在該海域作業,以「套招」方式「你來我走」。