2016總統大選辯論分別在12月27日與1月2日登場，3黨代表21日下午與合辦媒體敲定流程細節，首場總統辯論將接受媒體提問5題、交互詰問3輪，抽籤次序是親民黨、國民黨、民進黨；第2場則開放公民提問與交互詰問2輪，依序為國民黨、親民黨、民進黨。
另外，26日先舉行的副總統候選人辯論則開放公民提問6題、交互詰問1輪，依序是親民黨、國民黨、民進黨；2場公民提問的題庫皆來自沃草與GOOGLE合作平台「總統給問嗎？」(https://elections.withgoogle.com/taiwan2016/your-voice)，並於辯論前一天抽出。
這3場辯論也安排各候選人發表開場申論以及結論，並由三立主播李天怡、宏碁集團創辦人施振榮及三立主播陳雅琳分別擔任副總統辯論、首場總統辯論與第2場總統辯論的主持人。
協商代表之一的國民黨文傳會主委林奕華受訪時表示，總統辯論因為有2場，因此交由合辦單位公視與三立抽籤決定誰先誰後，最後由公視抽中首場總統辯論，並派出董事施振榮；不過，副總統辯論只有1場，由三立抽中，派出三立主播李天怡。
