民進黨總統參選人蔡英文16日公佈副手人選為前中研院副院長陳建仁，國民黨立院黨團17日隨即召開記者會，前立委邱毅質疑，陳在2007年涉及論文抄襲事件，時任國科會主委的陳建仁卻稱自己只是掛名共同作者，還向《中國時報》提告，最後敗訴。陳建仁不但未道歉，最後還在時任行政院副院長蔡英文的力保下留任主委，相較於前國防部長楊念祖、前教育部長蔣偉寧都因此下台，陳建仁應該對抄襲事件說清楚、講明白。
邱毅指出，2006年12月，中興大學生物化學研究所教授涉及論文抄襲，當時陳建仁以學術最高主管國科會主委身份嚴厲指責，甚至做出處分，沒想到2007年1月，一位台大醫院內科醫生將論文投稿到Cancer期刊後，卻也一樣被發現抄襲，而論文上赫然掛名共同作者的就是台大醫學院副院長楊泮池與陳建仁，楊也立即辭職。
邱毅質疑，當時陳建仁的態度卻和1個月前截然不同，「一再辯稱沒看過論文、不知道內容是什麼」，他批評，不知道內容卻掛共同作者，「那是學霸嗎？」邱毅強調，共同作者也要負起責任，當時陳建仁控告《中國時報》，稱社論指責為抄襲主角是不對的，最後判決敗訴，「難道抄襲有主配角之分？」
邱毅進一步指出，陳建仁當時向行政院長蘇貞昌提出辭呈，時任副院長的蔡英文卻力保，最後獲得留任，蔡英文為何包庇？後來宇昌案發生時，陳建仁帶頭護航，是否是「投桃報李？」他批評2人「沆瀣一氣、蛇鼠一窩」，陳建仁也不應該嚴以律人、寬以待己。
國民黨立委蔡正元則說，前國防部長楊念祖、前教育部長蔣偉寧都因為掛名共同作者的論文涉及抄襲而下台，陳建仁自己也說過，「科學家須為自己發表的論文負最終責任」，結果最後「主委繼續幹，現在還要當副總統候選人」，「別人抄襲下地獄，陳建仁抄襲上天堂」，「他的天堂跟地獄怎麼標準跟別人這麼不同？」
蔡正元也批評，蔡英文說陳建仁是「抗煞功臣」，但「怎麼google功臣都不會有他」，陳只是時任衛生署長，卻跟下屬爭功，「這時就可以共同掛名？」他也質疑，蔡英文上屆參選時提名蘇嘉全作為副手，但蘇也涉及碩士論文抄襲，「蔡英文好像特別喜歡找抄襲的人當副手」。
邱毅強調，論文寫作上，共同作者和第一作者負的責任是一致的，掛名共同作者的人常常是學術輩分比較高，因此只要涉及抄襲，「每個作者都要負責」。陳建仁應該對此說清楚、講明白。
