中研院副院長陳建仁已確定辭去特聘研究員兼副院長職務，擔任民進黨總統參選人蔡英文的副總統人選。中研院16日中午發表聲明，強調對陳建仁的決定感到惋惜，但給予尊重與祝福。有關接任副院長人選，院長翁啟惠正在徵詢中，確定後將徵得總統馬英九同意後對外公布。

中研院指出，陳建仁在公共衛生及流行病學方面的研究有非常重要的貢獻，在國際上備受推崇。擔任副院長期間，在生命科學的發展及學術行政皆有很大的貢獻，對國內行政事務及政府運作也非常瞭解，擔任過衛生署署長及國科會主委，處事圓融且善於溝通協調，是一位國家非常重要及難得的人才，他決定從學術再投入公共服務，為國家做出更大的付出，中研院給予祝福。

對於之前有媒體報導翁啟惠可能是蔡英文副手的口袋名單，翁啟惠則澄清並非事實，他也強調，從未考慮也從未被徵詢過任何新職位，且在第一時間皆對此傳言加以否認。翁啟惠說，自己會專心於院長職務及院務的推動，明年10月卸任後將回歸學術研究。