「馬習會」從媒體深夜突襲才曝光，因而遭批為「黑箱作業」，對此，行政院長毛治國10日駁斥，他完全不同意這個說法，總統府第一時間就讓行政院知道，之後也向國會報告，連總統馬英九都召開記者會說明，「整個過程沒有黑箱可言」。
國民黨立委呂學樟上午在立法院質詢毛治國，他詢問，毛是否同意「馬習會」挨批黑箱作業？毛治國答詢時表示，他不同意這樣的說法，因為兩岸領導人會面這樣重大的安排，要把細節談到一個程度才能對外公布，且總統府第一時間就讓他知道，也交代總統府秘書長曾永權陪同他向立法院長王金平、朝野黨團說明，除了陸委會召開記者會外，馬總統也親自舉行記者會說明，「我想整個過程沒有黑箱可言！」
針對馬習會，呂學樟嘲諷，民進黨是酸葡萄的心理，馬習會是在寫歷史，且馬總統到立院做國情報告，也是憲政史上的第一遭，「她(蔡英文)當然緊張嘛！兩岸政策的方向必須決擇的時候，蔡英文慌了，因為傷害的是民進黨的選情啊！」
而毛治國強調，希望建立兩岸領導人會面的制機，可透過對話解決兩岸問題，也避免誤解發生不必要的危機，盼各界以正面思考及態度來看待馬習會。
另外，呂學樟特地秀出馬習會對聯，上聯為「馬習相會，彌足珍貴」，下聯「九平以開，人民最嗨」，橫批則是「九二共識，一中各表」；他也發表諷刺民進黨的對聯，上聯「和平發展，得而復失」，下聯「兩岸對峙，悲劇重演」，橫批「台獨黨綱、兩國論」，批評民進黨的主張會讓兩岸關係生變。
