台南市長賴清德今(22)日傍晚在臉書po文表示，政務官到國民黨中常會進行時事專題報告並聽從現任黨主席、新北市長朱立倫的指示，此舉是否僭越閣揆毛治國的職權？「我擔心這會違背憲政體制，也恐與行政倫理不合，所以利用今天院會發言提醒毛院長注意。」對此，毛回應，這是一個新局面的開始，會加以研究。

賴清德說，昨天在電視上看到農委會主委陳保基在國民黨主席朱立倫主持的第1次國民黨中常會向朱敬禮並上台報告禽流感疫情，之後朱也做了裁示。「我擔心這會違背憲政體制，也恐與行政倫理不合，所以利用今天院會發言提醒毛院長注意。」

賴清德認為，共產黨是以黨領政、內閣制則是黨政合一，而台灣的體制在馬英九總統擔任黨主席時，國人或許可以接受「以黨輔政」，但如今馬英九已不擔任主席，部會首長還前往中常會報告，有違憲政體制之嫌。其次，目前禽流感疫情的處置作為，新北市長朱立倫和其他縣市長相同，要接受農委會的指導與監督，朱雖是國民黨主席，但對陳保基報告後做裁示，是不是僭越毛治國的職權而違反行政倫理？

賴清德強調，今天在政院院會提出這些意見，是希望未來1年多的政務不要空轉、執政不要偏頗，讓台灣能夠往前邁進。政院若不正視這種發展中的亂象，未來恐會造成多頭馬車，讓政務推動困難。