台南市政府和台南地檢署為了捍衛食品安全，特別成立「食藥品安全聯合查緝平台」，互動密切，此次在追查北海飼料油案卻出現市府「拒不配合下架」的風波，主要源自於雙方對於下架產品的時機和權責之認定有出入，雙方溝通有待加強，也突顯公務員在處理重要公務時，應採取更積極的態度，方能符合現代民意的要求。
台南市政府與台南地檢署成立的「食藥品安全聯合查緝平台」向來有不錯績效，曾查獲機電廠變身為藥工廠，偽造食品內含順丁稀二酸，還有豆芽菜浸泡保險粉等案，雙方互動密切，但面對重要的食安查緝和管制問題，執法機關和行政機關難免有步調上的差異。
負責追查案件的檢方，自是一路往前衝，不斷查獲新證據，也希望在最短期間內讓不法業者接受法律制裁，讓黑心商品退出市場；但行政機關往往得依行政程序進行，加上權責單位涉及中央、地方和各平行機關間的合作，難免有步調落後的情形。
南檢偵辦北海飼料油案作為積極，雖然台南市衛生局的說法是9月25日透過跨局處聯合稽查小組發現油源有問題，主動連絡南檢偵辦，但早在9月中旬追查「強冠」油品時，高檢署聯繫會報即分案由南檢負責，南檢隨即著手調查，查獲具體事證，並聲押涉案人，並於10月14日、10月27日、10月30日3度通報衛生局股長卓金津及副局長林碧芬，明確告知搜索進度及負責人收押結果，預期衛生局將會採取產品下架等措施。
衛生局相關人員在這段期間均依法令和正常程序在進行，且依《食品安全衛生管理法》規定，問題油品必須由中央主管機關下令食品業者暫停作業、停止販賣和封存，在檢方尚未提供下游油品詳細流向，衛生局也未進一步向檢方索取下游名單，促請衛福部下令問題油品下架，或許並無行政疏失，卻少了一分積極度。在此情況下，市府和檢方對下架產品的時機又未有充分的溝通，因而產生認定不一的情況，終於引爆此番風波，顯見雙方未來應有更密切、更良好的溝通方式。
面對各項主管業務，公務人員本應以最積極的態度處理，尤其食品安全已嚴重危害國人的健康和經濟發展，更應鍥而不捨、快速執行相關工作。9月的強冠餿水油事件，屏東縣府未處理當地老農5次檢舉案，即導致惡油蔓延；相對的，接獲檢舉的台中員警立即展開調查，加上各單位的努力，才免除國人繼續受黑心油品的毒害。
強冠的案例和北海油品下架風波，事件有大有小，但同樣值得借鏡，也在告誡公務人員必須再積極一點，不能還停留在「奉公守法」的舊時代，未來處理公務寧可再積極一點，速度寧可再快一點，方能符合各界的期望。
