總統馬英九日前批評率團赴上海參訪的台南市長賴清德「昔日說木馬屠城，今日訪中國拼直航，不適任一市之長。」賴清德今（9）日反批，馬總統如此說法，完全是為了選舉目的，有失厚道；他強調，如果不是民進黨執政期間全力推動，不可能馬總統上任不到三個月就可以直航，「木馬屠城記」的說法也過於簡化。
賴清德指出，馬總統趁他不在家，到台南比評市政及對他個人的指責，有失厚道，這樣的指控既不公平也不尊重，更有失總統高度。「馬總統不應該為了選舉就變臉，應有其高度及總統的風範。」
他並反問：「總統的指控從何而來？」當年媒體專訪內容其實被過度簡化，即使為了選舉也不必如此。「兩岸直航」開始的日期是2008年7月4日，當時馬總統上任只有兩個多月，如果不是民進黨執政期間進行規劃推動，如何成功？當時他擔任立院黨團事長，居間全力協助及支持，對於這種指控是嚴重誤導，非常不應該，也歡迎大家上網去查當年的專訪全文。
對於此次出訪成果，賴清德強調，此次出訪是以文化交流，傳達台南市以文化立市的精神，成功行銷台南市。台南市是台灣最有代表性的城市，此次讓台灣最有代表性的城市被看見，等於台灣也被看見，也將台灣多元的聲音表達出來，兩岸應該要往前看，求同存異，才能促進兩岸互動交流與福祉。
他同時表示，這次感謝特別上海市長楊雄、復旦大學校長楊玉良的熱情接待，尤其楊市長主動關心兩個城市未來包括文化、體育、經貿等各方面交流，例如台南市的農特產未來行銷上海、上海市推動台南市醫療觀光等等，讓台南市做了一次成功的文化交流與城市外交；透過這次城市交流，市府團隊也學習到很多，相信在未來市政推動上，有很多地方台南市可以藉重上海的寶貴經驗，讓台南市更加進步。
