繼陳水扁遭侵佔、隱匿公文被起訴後，曾被搜索出持有機密公文的前行政院副院長邱義仁、國安會秘書長陳唐山等人，在1月總統大選後，也被特偵組改以貪污治罪條例的侵佔罪進行偵辦。對馬政府的司法追殺，一位邱義仁友人就轉述他的話說，邱義仁感嘆，除非民進黨重新執政，否則下半輩子可能都要走法院了。

2008年前行政院副院長邱義仁，因巴紐案爆發請辭下台後，家中也遭搜索，並在其原本公務使用、搬回家裡的辦公桌抽屜裡，找到部分機密公文。

據瞭解，該辦公桌其實是2000年，邱義仁從國安會副秘書長轉任行政院秘書長後，自己掏錢到外面買來用的。邱義仁每次開會看完重要公文後，就把抽屜打開，將公文塞入。由於抽屜多，邱義仁很喜歡這張桌子；而每次轉換職位，到總統府、國安會或回到行政院，辦公桌也都跟著他轉來轉去。久而久之，他自己也忘了抽屜裡還有放哪些公文。所以，當特偵組從他抽屜裡找到這些機密公文後，他一時間也傻了眼，想說怎麼還留有這些文件呢？

4年下來，特偵組先是以邱義仁違反國家機密保密法為由偵訊，但由於邱義仁持有的文書，都是事後再由調查局、情報局補核定為機密，加上邱義仁也無所謂的「洩漏」、「交付」、「刺探」、「收集」等違反國家機密保護法等情節，所以難以用此法起訴他。也因此案子一拖就是4年。

豈知，今年選後特偵組再度傳訊他時，傳票上卻突然多出個貪污治罪條例第4條第1項的「竊取或侵佔公用或公有器材、財物者」罪名。相對於違背國家機密保護法的最高本刑頂多2年，貪污治罪條例卻是以10年有期徒刑起跳，邱義仁收到傳票時，還嚇一跳說，「怎麼可能呢？」

一般來說，貪污治罪條例指的「財物」，最高法院歷年來判例都是指公款、金錢、有價證券或是具有一定價值的物資等，如果連公家機關會議資料等公文書也被列為「財物」，那到公家機關開個會，將資料帶回家，管這個公文機不機密，豈不都會被貪污治罪條例的侵佔罪起訴？

當時，特偵組偵訊時則認定，以邱義仁這麼聰明的人怎麼會不知道辦公桌裡有機密檔案呢？但邱義仁則向他們表示，平常抽屜都是上鎖的，沒事也不會打開它。

目前，邱義仁因維護我國在WTO名稱，而金援泰國一名政要被起訴。雖然台北地院一審宣判無罪，不過特偵組則上訴到高院審理中。而先前因爆發巴紐建交佣金案，則還是以被告持續遭偵辦中。

目前，特偵組是否會將貪污治罪條例裡的「財物」，解釋為「財」（金錢）與「物」（物品），而將邱義仁、陳唐山兩人以此條例的「侵佔罪」起訴，還是統一適法標準，比照陳水扁案例，另以違反刑法第336條的公務侵佔罪、第138條的隱匿公文書罪及國家機密保護法第35條隱匿機密公文書等罪名起訴，則有待觀察。

不過，對於特偵組不斷找新的法條來偵辦綠營政務官，一位邱義仁的友人就感嘆地說，綠營人士實在太過低估馬政府的政治追殺了。