美國牛肉禁令大開放，讓朝野立委一致抨擊。衛生署並未遵守立院決議事先報告就直接談判拍版定案，讓朝野立委都痛批政府恣意妄為，不過國民黨團已由要求官員下台強硬態度，改為為宣導「拒吃美國牛肉」表達立場；民進黨團則要求政府暫緩實施協議，重啟談判，否則將杯葛相關部會預算。
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民進黨團幹事長王幸男表示，民國95年1月11日立院曾作出決議，政府開放美國牛肉前必須先向立院報告，提出對本土畜牧業與消費者的保障方案、要求美方建立食品履歷制度等，始得進口。但馬政府並未遵守這項決議。
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國民黨立委羅淑蕾說，行政部門藐視立法院決議此次已非首例，立委猶如「狗吠火車」，監督力量有限，但立院決議效力視同法律，不排除請監察院調查官員違法失職，予以彈劾，不過，她也為衛生署長楊志良抱屈，要求他下台負責並不公平。
她指出，目前雖有立委提案修法，將食品衛生管理法增列「禁止美國牛絞肉、內臟等部位進口」，但目前台美決議是否來得及適用，似乎不太樂觀。
她強調，若無法改變決議內容，目前食品衛生管理法第17條之1已規定「中央主管機關得就特定散裝食品之販售地點、方式予以限制或要求以中文標示原產地等事項」，只能透過加強把關，讓民眾能選擇不吃美國牛肉抵制。
王幸男強調無法接受此項「錯誤」決議，因為日本、香港及新加坡等國都未開放美國帶骨牛肉，衛生署憑什麼拿台灣人民生命開玩笑，更何況現在有8成民眾反對，造成這麼大的恐慌，若政府一意孤行，將杯葛總統府、國安會、農委會、衛生署等相關機關預算。
民進黨立委管碧玲則要求國安會公布開放進口美國牛肉協議全文，若無法拿出來，和韓國協議做出對比，表示馬政府「心虛」，無法自圓其說。
