馬政府決定開放美國牛肉進口，而且包含內臟的決定，激怒了朝野人士，學者專家甚至怒指喪權辱國。由於媒體報導，決策過程係由馬總統及國安會一手敲定，衛生署長楊志良事先毫不知情，更引起政治凌駕專業的批評。明天國民黨將召開臨時中常會討論補選中常委事宜，但眼看一場牛肉風暴，已經指向兼任黨主席的馬英九。
由於台灣這次開放進口美國進口牛肉，不僅包括帶骨牛肉，也包含內臟，引起民眾恐慌和專家批判。根據《蘋果日報》民調顯示，逾51%民眾認為政府開放美國帶骨牛肉、內臟、絞肉進口，是不顧人民死活；約35%相信政府把關。
而根據中國時報的報導，由國安會、外交部、衛生署、農委會組成的談判團隊，第一時間談出來的結論，就是現今包含內臟在內的開放幅度，且一直是這個方向。
行政院長吳敦義昨天對此緊急滅火，他表示，「美國人不吃的，我們也不吃」。他是在出席南台科大舉辦的就業博覽會談到美國牛肉進口時，帶著事先準備的小抄強調「包括牛腦、脊髓、眼與頭骨，都在禁止之列」，他說，台灣的標準比不久前剛與美國完成談判的韓國還更嚴格。並說會請衛生署強制進口商建立類似汽車強制責任險的強制保險制度，細節由衛生署研擬中。
不過，吳敦義的說法顯然未能釋疑。衛生署牛海綿狀腦病專家諮詢委員會委員、台灣大學職業醫學與工業所教授詹長權說，當初委員反對風險過大的內臟、絞肉進口，有紀錄可查，衛生署卻未依專業建議，「不可思議！」他呼籲，協定尚未正式公告，政府仍有機會改正，嚴守不讓危害部位進口。
國內庫賈氏症權威陳順勝更是憤怒表示，做決策的人一定是頭殼壞去，才會連美國牛的內臟和絞肉關卡全都棄守了。他說，這次決策已超越了衛生專業，根本是政治事件。如果因此可以換得加入聯合國就算了，若只是換得官員過境或是軍購，就像是滿清末年的無能政府，被迫簽下喪權辱國的不平等條約。
民進黨發言人蔡其昌昨天批評指出，政府開放美國帶骨牛肉及內臟進口，未經充分討論，決策粗糙，更危及民眾健康，民進黨除密切關注，不排除有更進一步抗議動作。
民進黨主席蔡英文表示，整個協商過程不透明，讓人無法了解政府談判代表為何退讓這麼多、這麼快，事後又互踢皮球，非常不負責任。前副總統呂秀蓮指出，扁政府起碼還挺了好幾年，這項政策顯示馬政府的「外交休兵」已成「外交休克」，讓人予取予求。這件事讓人覺得整個政府垮掉了，全民要有很大的覺悟，要嚴厲監督政府。
在國民黨方面，一樣是怒氣沖沖。對於所謂行政院「事前有提，黨團應該有訊息，只是開放內臟部分有落差」的說法，國民黨黨團幹部表示，前天衛生署召開記者會宣布後，才拿到衛生署的新聞稿，而且衛生署是被動提供黨團，執政黨團竟比媒體還晚獲知訊息。
國民黨團首席副書記長林鴻池質疑，上週一黨團幹部會議行政院秘書長林中森、衛生署長楊志良都列席，週三衛環委員會「黨政平台」會議楊志良也出席報告，卻隻字未提開放美國牛肉，黨團幹部被蒙在鼓裡，怎麼可能背書？
中國時報則引用藍營人士說法，指馬總統兼主席後要黨優政強、黨政同步，其實都是假的。由於行政院秘書長每週一都會列席國民黨團幹部會議，預料明天會中將砲聲隆隆。
