莫拉克風災造成嚴重災情，許多人認為是氣象預報出了問題。但中央氣象局長辛在勤曾出面澄清，若將颱風災害歸咎於預報不準，氣象局無法負擔這個責任，目前許多大氣科學學者都認為，定量降水預測是全球氣象科技的瓶頸，仍有很大改善空間。
中央大學大氣科學系主任林沛練指出，預測降雨「在哪裡」和「降多少」是兩個完全不同的層次，「雨會下多久才是關鍵」。
他認為，莫拉克颱風的預報並無人為疏失，但全球氣候變遷導致劇烈天氣發生比率增加，氣象局應持續加強基礎研究能力，累積經驗，才能及早掌握天氣狀況，提供最準確、即時的預報資訊。
目前台大與氣象局合作執行「追風計畫」，在颱風來襲前空投觀測器，探測颱風結構以預測路徑，芭瑪颱風的追風計畫也將在周（4）日發動。林沛練說，因預算有限，每次出動就要花費3、400萬元，為求效率，目前只能針對可能侵台的颱風進行。
林沛練說，颱風接近台灣之後，會靠雷達網監測颱風結構，但山區受地形限制會出現死角，無法觀測該處對流雲系發展情形，目前水利署已研擬與氣象局合作於豪大雨容易發生的山區死角設置降雨雷達網，對山區雨量監控會有助益。
「一個颱風能讓台灣一夕之間從乾旱變水災，實在很可怕。」林沛練認為莫拉克雨量破紀錄的原因有二，首先是颱風滯留時間超乎預料，延長降雨時間；其次則是不斷引進海南島地區熱帶性低壓的水氣，在還沒登陸之前颱風西南端雨帶就開始影響中南部山區。
林沛練認為，氣象局在莫拉克颱風路徑預報部分其實並未失準，與美國、日本預測幾乎沒有差異，但莫拉克颱風結構不對稱，主要雲雨帶都集中在西南側，且沒有明顯颱風眼，一般風雨最強的眼牆也不明顯，登陸時北部地區雲系對流並不旺盛，也沒因為中央山脈破壞颱風結構，導致南部地區降下驚人雨量，堪稱「怪颱」。
