此次博弈公投係依據1月12日立法院通過的離島建設條例增訂第12條之2，只要有效票中超過1/2同意即算成立，不受公投法必須投票率超過1/2的限制。
反賭博合法化聯盟召集人釋昭慧今年2月23日至澎湖縣政府拜會，表達反賭立場時，就指出，澎湖舉辦博弈公投所根據的離島建設條例博弈條款與公投法相牴觸，反賭聯盟將尋求大法官會議解釋。
澎湖縣反賭場聯盟召集人林長興表示，博弈公投不受公投法投票率1/2以上的限制，等於說，即使只有3人投票，2人贊成，公投即算通過，這樣的公投既無代表性，也不具意義。
澎湖縣選舉委員會總幹事張瑞棟指出，離島建設條例屬特別法，公投法為普通法，依法理原則，特別法優於普通法，選委會依法辦理公投，並無疑義。
9月17日反賭博合法化聯盟拜會監察院長王建煊，希望監察院就離島建設條例與公投法相牴觸聲請
釋憲，王建煊也表明，特別法優於普通法，並無牴觸。
反賭博合法化聯盟成員之一的綠黨發言人潘翰聲指出，特別法雖然優於普通法，但此案會影響法律的穩定性，澎湖博弈公投依據的離島建設條例如果可以超越公投法，此例一開，以後任何議題的公投，都可能視利害關係或通過的機率，尋求另立特別法，如此公投法將被架空，法律成了有權力或利益相關人「搓來搓去的麻糬」。
從民國81年開始推動澎湖博弈產業的前立委陳癸淼和台灣科技大學台灣彩券與博彩研究中心主任劉代洋都表示，選民能夠踴躍參與，提高投票率是好事，但有的人不去投票是自己放棄權利，也無可奈何。
澎湖縣反賭場聯盟執行長顏江龍指出，原先大家認為博弈公投不設投票率門檻，有利公投通過，反方陣營會難以接受，但公投如同選舉，只有開完票才能確定結果；如果到時候投票率很低，而且反對票數些微超過支持票數，可能支持博弈的一方也會難以接受。
在8月16日博弈公投公聽會中代表正方發表意見的前澎湖縣議會副議長許南豐說，他希望選民踴躍投票，縣選委會依法公告，也寄發投票通知單給選民，已盡到宣傳之責；假定公投結果反方以1票險勝，正方將會展現民主風度，接受結果，因為法律的規定就是如此，不只澎湖適用，未來如果金門辦理博弈公投，也將適用。
未設投票率門檻的公投等於埋下了爭議的種子，9月26日的博弈公投如果投票率不高，公投雖然結束，爭議卻可能延續。
公民監督國會聯盟執行長何宗勳表示，此事在法理上的爭議仍很大，未來就算公投通過，公民監督國會聯盟仍會繼續推動釋憲，將邀請法律學者舉行公聽會，並聯合立法院反對博弈的立委提出釋憲案。
