台南環保聯盟等環團今 (12) 天表示，反對政府欲將玉峰堰的取水改為工業用水，不但恐有汙染民生用水之虞，經濟部更可解編「曾文溪自來水水質水量保護區」。對此，台南市政府回應，玉峰堰仍是自來水供水系統的一環，無涉解編。並強調，在國土計劃規範之下，絕不會有環保團體所擔心的水源污染。
台灣水資源保育聯盟學術召集人陳椒華表示，目前玉峰堰的原水是經山上淨水場處理後再送到潭頂淨水場，符合民生用水等級，也提供民生及南科等工業區使用。因為南科所需用水是民生用水等級，甚至要求更嚴格，所以根本沒有必要將玉峰堰的水另設工業專管引到南科等工業區。環團認為，此舉是浪費民脂民膏且涉嫌圖利財團，並是解編曾文溪自來水水質水量保護區的前奏，更將是方便廢棄物、養豬場及汙染性工廠進入的危險政策。
台南市政府針對此案回應，中央規劃玉峰堰專管，規劃將玉峰堰引取曾文溪水源供給產業，市民飲用水將均是水庫優質水源；且亦可空出淨水場二次處理玉峰堰水源的淨水處理能力。另外，原玉峰堰管線即可轉換為民生用水備援管線，如遇地震天災等致其他水庫供水不足情形，亦可提升民生及產業備援供水能力。
另外，市政府也補充說明，解編問題是屬於土地管制問題，目前玉峰堰上游集水區均受區域計畫法、都市計畫法、水土保持法、自來水法、相關環保法規等及其權管機關依法管控。未來國土計畫法也將妥適規範各水源區最佳管理方式，並不會有污染進入的疑慮。
