監察院指出，全民健保藥價差問題，俗稱藥價黑洞，長期遭受詬病。衛生福利部中央健康保險署回覆監察院調查時指出，將研議全面公開個別醫事機構藥價差比率，俾收集各界藥品利潤比率合理標準之建議。
監察院指出，日前報載醫療體系大規模換藥，以「藥價差最大」為準則，而未將病人對藥物反應及其實際療效等重要因素入考慮，擅自把135種藥物從原廠藥換成學名藥，引起各界關注。
監院表示，此事件除凸顯國內醫療機構以藥養醫，不尊重醫師專業用藥及病人療效之扭曲醫療生態外，並掀起原廠藥與學名藥療效之爭議。監察院早於2015年即非常重視此類國人用藥安全之醫療正義事件，鎖定健保藥價差問題進行專案調查，並於今6月提出多項興革建議意見。
該調查報告針對「以藥養醫」現象指出，「健保署迄未釐訂明確合理藥價差比率，並罔顧醫療院所賺取藥價差已然超出其合理利潤範疇」。衛生福利部中央健康保險署對此初步回應，將研議全面公開個別醫事機構藥價差比率，俾收集各界藥品利潤比率合理標準之建議；另朝公立醫院按政府採購法議價，取得藥品利潤及價差比率作為參考之可行性；並就藥價差明訂合理比率議題，調查醫、藥團體意見；長期規劃將朝向擴大支付單位處理，惟仍需各界形成共識。
監察院認為，國內醫療院所不應以藥價差限制醫師臨床選藥專業，「以藥牟利」絕不可取，民眾用藥安全與品質不該被犧牲。
監察院另表示，目前民眾質疑學名藥療效不如原廠藥，現階段衛生福利部食品藥物管理署對學名藥之把關，是藉「上市前的審查」及「上市後的監測」，包括：定期與不定期實地查廠、市售藥品抽驗及比照國際建立藥品品質安全監測機制等措施；食藥署每年針對較有可能有療效相等性疑慮之藥品，或常被通報療效不等之藥品加強監測，並對臨床上較懷疑有療效疑慮之藥品，加強市售品抽驗及製造廠稽查，確保學名藥品質。
監察院最後呼籲並建議，擔心拿不到原本使用的藥品或被換藥的民眾，在領藥時應注意藥品外觀、顏色、包裝、劑量等，和之前拿的藥是否相同。用藥後，留意身體變化，有無不適、副作用，或和以前有無不同，倘若感覺異常應隨時回診；更可諮詢藥師，利用醫院用藥諮詢服務或請社區藥師幫忙評估。
