文化部的補助藍委風波鬧得轟轟烈烈，遭免職的次長邱于芸又召開記者會，批評部長洪孟啟明知她在醫院，卻一次也沒跟她溝通過，就直接下令免職。不過，洪孟啟20日駁斥，邱當天的假單寫明是去花蓮出公差，跟她說去醫院的說法有出入；他也透露，邱督導的3個司都不敢上公文給邱，認為有如「羊如虎口」。
文化部日前被《壹週刊》爆料，指內部公文曾提到補助執政黨委員每位250萬元，而爆料源頭遭外界質疑就是邱于芸，對此，邱則寄存證信函給洪孟啟，因而遭免職。邱于芸19日召開記者會，公布與洪孟啟間的line對話，強調自己在醫院時，洪不斷要求與她見面談談，結果一次都還沒談到就被免職，根本是「殺戮8小時、謀殺式免職」。
針對邱于芸的指控，洪孟啟20日上午在立法院備詢時解釋，對邱于芸，他不忍心在任內對她說任何重話，她的所有意見都被接納及授權。他澄清，那天要求跟邱下午見個面，但她說要上課，洪又說，「是不是中午我從醫院出來，我們見個面？」但邱又回應，自己在身體檢查，看了結果後再見面。不過，洪到達後，告訴邱在等她，邱則再回，醫生的報告還沒出來。
在這一來一往中，洪孟啟說，當時人事處拿出邱于芸的假單，邱是以到花蓮出公差為名義請假，「所以在這當中當然就有出入了，我一直不願意出來講話，深怕傷害到她」。
洪孟啟認為，事情是整個團隊的問題，邱于芸所督導的3個單位都已經不敢上公文，甚至邱團隊的同仁還說，若把公文送到邱那邊，有如「羊入虎口」。每個同仁都戰戰兢兢，如果這樣子下去的話，文化部的功能就廢掉了。他強調，自己很肯定邱在任內做了很多貢獻，或許換一個跑道，會讓她有更大的空間，也希望讓部裡的團隊回到正常，「我實在不願意講重話，因為我真的把她當自己的女兒在看，不願意傷害到她」。
對於有同仁說公文送到邱于芸那邊有如「羊入虎口」，洪孟啟說明，因為邱常常調閱公文，而事情發生後，公務人員若背了任何一條紀錄，對以後升遷有很大的影響，所以他也做職務的調整，把邱督導的3個司跟另一個次長對調，這3個司很重要，若都癱瘓不敢上公文，「那麼文化部就癱瘓掉一半了」；而現在所有事情都在政風、司法機關調查，若任何調查出來，該負的責任，自己絕不推拖，該離開的話，也知所進退。
另外，國民黨立委盧秀燕也詢問，究竟是誰找邱于芸擔任次長？洪孟啟則回應，這是他自己做的決定，因為當初很希望能讓文化跟科技做結合，在這方面也徵詢了很多名單，後來跟邱見面，覺得不錯，人文跟科技的知識都有，所以很希望引進有這樣背景的人，「我對她非常重用」。
針對文化部的爭議，行政院長毛治國強調，本案在處理上，他支持洪孟啟的做法跟決定。
