淡水河逐漸擺脫臭名，民眾也可以在淡水河看到愈來愈多的魚類，環保署環境檢驗所最新針對淡水河系新店溪的魚類調查，發現代表水質佳洄游型的日本禿頭鯊、眼斑厚唇鯊等魚類，都可在中下游看到蹤影。至於何時可以看到香魚蹤跡？環檢所估計約須40年。
環保署約19年前開始針對淡水河做持續檢測，環檢所課長楊喜男表示，淡水河系新店溪的魚類生態調查較2005年發現的27種，大幅增加了11種，日本禿頭鯊、眼斑厚唇鯊以及翹嘴紅鮊都可以在中下游看見蹤影。
環檢所認為，淡水河大幅減少來自家庭的直接廢水是某些魚類再度現蹤的主因；每天處理50萬噸的迪化廢水處理廠，利用生物處理方式消耗家庭廢水的糞便，排放出來的水源耗氧率降低，所以慢慢可以看到魚類洄游至中下游。
過去由於水質惡化與大量捕捉，淡水河已經看不到香魚的蹤跡，楊喜男認為淡水河整治到香魚能溯溪上游，可能與英國鮭魚重回泰晤士河所需時間40年差不多。
另外，楊喜男表示近年歐美國家水質分析除了利用化學方法，還使用生物毒性檢測，檢測水質樣品中毒性對生物體的影響，該檢測方法未來將公告標準，利用在光電廠業排放的放流水檢測上。
生物毒性檢測利用6種生物，包括魚類（鯉魚、羅漢魚、溪哥）、甲殼類（米蝦、水藻）及藻類（小球藻）放在水裡，最多觀測4天，就能知道工廠放流水是否對生物具有毒性；魚類可檢測重金屬，甲殼類可檢測殺蟲劑，藻類則可檢測出殺藻劑，殺藻劑最常運用在農業活動裡。
