當民進黨內還在為議長選舉跑票案吵不停之際，國民黨已經出招，以討論區域平衡及社會局、衛生局合併為由召開議會臨時會。雖然李全教一再保證府會和諧不會出問題，但明眼人都知，他召開臨時會無非是給賴清德下馬威，等於告知賴清德「未來台南不是你一人說了算」，以後不但地方建設要和議會溝通，就連市府的組織再造等問題，議會也要過問。
李全教當選台南市議長後，深知外界會認定府會必起衝突，故一再重申他擔任議長絕對是市民的利多，府會和諧不會出問題，他會理性監督，也可以協調及爭取中央各部會對台南市各種預算的補助及執行，絕對是台南市民之福。
不過，才就任，李全教便不讓急著對柯P下馬威的台北市議會專美於前，也立刻宣佈將召開臨時會，若要說此舉不是下馬威，恐怕沒有人會相信。但師出要有名，正好台南市政府率先配合中央合併衛生和社會部門的政策，宣布將合併衛生局和社會局，改為衛福局，也引發社福團體的反彈，便給了國民黨召開臨時會的理由。
開會的另一項理由是討論「區域平衡」，台南縣市合併後，區域平衡一直是民眾關注的話題，就連過去縣府所在地的新營，當地民眾都感到自己被邊緣化了。然而，臨時會雖將討論城鄉差距、偏遠地區建設問題，屆時真正要檢討的無非就是地方建設問題，這也等於向賴清德宣告，未來南市的各項建設，議會將不會再「裝惦惦」，任由市府規畫、執行。
由此看來，未來府會關係將產生劇烈變化，府會的溝通如果不加強，府會的互動若不協調，可能隨時發生互批、杯葛的現象。李全教一上任就召開臨時會，既是對賴清德下馬威，也在試探賴清德的反應究竟會硬碰硬，還是願意放下身段折衝。此外，也可以看看民進黨議員的反應，究竟是默然接受議會主導權拱手讓人的事實，或是要和賴清德攜手對抗，屆時民進黨內的問題，恐怕也將在賴神光環稍稍減弱的同時一一浮現。
台南府會未來的關係，攸關台南市的建設和賴清德未來更上一層樓的政治能量，各界都在關注。企業界對此更是敏感，一個南部重量級財團原已計畫在台南市投入兩個大型開發案，對台南的經濟發展將有極大影響，也和賴清德達成一定默契，但南市議會變天之後，該集團立即開會討論，目前只能暫持觀望態度，未來將先觀察台南府會關係的變化再說。
「萬一和市政府談好了，投入了大量的規畫和建設經費之後，議會方面卻有不同意見，屆時怎麼辦？企業投資動輒數十億元，甚至數百億元，能開玩笑嗎？」一位企業界人士這樣說，他相信其他企業界入士也可能這樣想，屆時恐將影響不少投資案的腳步。由此看來，台南府會的微妙變化，未來也將牽動台南的建設和發展，市民只能期盼府會維持和諧關係，任何人都不要為了政黨和個人的政治利益，而影響了台南市的發展。
