行政院會今（3）日通過「臺灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例」草案，據大陸委員會主任委員王郁琦表示，政院版確實有參考民間版的部分內容和精神，但是，因為民間版基本上是採取「國與國」的關係來定位兩岸關係，這已不符合中華民國憲法的定位，所以，根本不可能接受，而且根據民間版的內容，「兩岸協議監督條例」會變成「兩岸協議簽不成條例」。
王郁琦說，政院版採納了民間版某些精神如強化行政部門與國會、公眾溝通的機制，所以，才會有4階段溝通，從立法部門的角度即是強化對行政部門的監督；其次，對於協議的簽署到底會對台灣社會產生什麼影響？要有更充份的評估過程，這些陸委會也是認同的，如2階段國安檢查程序就是因此而產生的，但所謂的「國家安全」並非只指國防、軍事、外交，事實上，還包括經濟安全部分，或者有一天兩岸或許會談到文化協議、科技協議等對台灣的影響，強化相關的影響評估也是政院版所認同的。
王郁琦說，在協議簽署後，每年要根據協議的執行狀況進行檢視，民間版草案的這種精神，陸委會也是認同的，所以，在政院版草案的第23條規定，每年要進行協議的檢討，雖然行政部門現在已經在進行。
但為何不能全採民間版？王郁琦解釋，民間版基本上是採取「國與國」的關係來定位兩岸關係，但基本上這已不符合中華民國憲法的定位，所以，根本不可能接受，這種做法也會破壞92共識以來，台海之間擱置爭議、創造兩岸穩定和平發展很重要的基礎，所以，「沒有辦法接受」。
其次，王郁琦說，在民間版兩監督條例草案中，提到行政部門必須制定協議締結計畫，且須經立法部門同意後，才能依據該締結計畫進行兩岸協議的協商，但協議協商是行政部門的固有權限，所以，這種設計不符合憲法規定的權力分立原則，更何況該締結計畫包括未來談判可能遭遇的爭點和因應對策，這些都必須等待立院通過後才能和對方談，等同讓談判對手不費吹灰之力就能得知台灣的所有的談判底限，在還沒上談判桌前，就已經先輸了一半，幾乎等於全輸了，因為你的爭點、因應策略都在這裡。
至於有參與擬具民間版的學者表示，如果有國安疑慮可以用秘密會議進行，王郁琦以己身舉例指出，他曾經參加過一個立法院的秘密會議，結果會還沒開完，媒體報導已經出來了，而民間版所謂「必要時」得採秘密會議，如果非涉國家安全者就不會採秘密會議，而是採公開會議，但有些議題並非國安問題，譬如稅率要怎麼談，開放程度要怎麼談，未必有影響到國家安全這麼嚴重，但這也是兩岸間的利益交換、政府的談判底線。
王郁琦強調，雙方上了談判桌後，如果內容和立院通過的協定締結計畫不同，就必須停止協商，再回去請示立法院，而立院必須經過2/3的同意，修改協定締結計畫後，行政部門才能繼續談，如果像現在立院議場被學生霸占，是不是都不要談了？縱使沒有這種情況發生，立院現在還有多少法案被擱置？在協商過程中，根本還沒有談出結果、還沒要審議，就得全部停下來，等待立法院的2/3決，這非常有困難，不符合憲法權力分立的原則。
而且王郁琦還說，民間版的法案有前面90天（提出締結計畫前）、後面180天（協議簽署前要等待的時間）的規定，這段時間，行政部門什麼都不能做，處於凍結狀態。而如果行政院部門是以「備查」方式將兩岸協議送立院，只要有15位立委連署，就可以把備查改審查，行政院版是準用立法院職權行使法第60條及62條，希望立法院不要拖延，而民間版在立院沒有審議前不得生效，就擱在那裡，永遠不得生效，若完全按照民間版通過，難怪媒體評論以後「兩岸協議監督條例」會變成「兩岸協議簽不成條例」。
