台南鐵路地下化工程源於民國84年的「台南鐵路地下化綜合規劃報告」，多年來歷經各種波折，但不管如何轉變，因為鐵路縱切台南市中心精華區，造成嚴重的交通和都市發展問題，幾乎所有市民都引頸企盼鐵路地下化的時代早日來臨。
經過多年，鐵路地下化終於拍板定案，原本應該是市民等待已久的大喜事，卻因徵地出現爭議，並引發拆遷戶質疑南市府溝通過程毫無誠意，抗爭動作越來越大，並訴諸人權，進而結合大埔事件等全國不當徵地抗議行動，詳細比對民進黨對大埔事件和台南鐵路地下化徵地爭議的處理態度，讓黨中央險難招架。
為何一個各界企盼已久的重大建設，最後變成一個不斷擴大的爭議事件？問題到底出現在哪裡？
規畫工法改變需徵地，引發居民不安
回顧民國84年，當時的台南市長是施治明，計畫以明挖覆蓋法施工，將永久軌設置於現有台鐵國有地的下方，並借用鐵路東側民地建置臨時軌道減少對民眾的影響，施治明行文鐵工局要求盡量縮小土地借用範圍。後來，許添財擔任市長時，再次強力要求進行鐵路地下化工程，進行都市縫合。因應台南火車站在88年被指定為古蹟，96年「台南市區鐵路地下化綜合規劃計畫」修正，一度考慮以潛盾法施工，經行政院長蘇貞昌宣布中央負擔87.5%費用，總統府並發文公告。
鐵改局接著將計畫改為在現有軌道的下方施做永久軌，工程期間「徵用」現有軌東側土地做為臨時軌用地，工程後拆除臨時軌並還地於民。獲知土地將被徵收，房屋將被拆除一部分，甚至全拆，居民開始不安，並出現抗爭聲音。
徵地施作永久軌 土徵引爆強烈抗爭
後來，考量工程安全、財務等問題，政府最後定案的規畫變成徵收東側407戶土地直接施做永久軌。鐵路地下化工程由永康橋以南0.17公里，延伸至生產路以南1.91公里處，全長8.23公里，預計花費293億餘元、7年8個月完工，並在98年9月經行政院核定。鐵改局的理由是基於「對台鐵營運影響低、台南車站古蹟保護佳、降低市區交通衝擊影響、都市縫合最佳，亦可節省工程經費及工期。」
但拆遷戶發現，政策轉變似隱含更多算計，因為馬英九總統執政後，一直想「以土地徵收來彌補政府財源」，財政部「強化公共建設財務規劃」即明訂「檢討重大建設計畫外部收益(含土地開發)內部化，挹注建設財源。」行政院並指示，「公共建設應採行與土地開發結合之跨部門建設計畫方式辦理，以提高計畫財務自償性」。
因此，民國96年完成的「台南市區鐵路地下化綜合規劃計畫」也被要求「將土地開發利益納入考量」重新規劃。交通部和台鐵因而盤算徵收鐵軌東側民地蓋鐵路，騰空的鐵路用地進行開發挹注工程費用，而且還有盈餘。經建會更將此案視為全國第1個「以土地開發利益回饋軌道運輸建設」的範例。時任交通部長的毛治國曾表示：「台南站地下化後，火車站週邊及鐵軌沿線的大小範圍都市計畫更新，將是台鐵資產活化、償還債務的金雞母」。
「政府就算用市價徵收，現在沿線的土地時價一坪從10多萬元30萬元，地下化後，原有的鐵路用地可變成商業區，市價將可達75至95萬元。」「根據南市府委外規劃的第2階段都市縫合計畫，其範圍達197公頃，涵蓋鐵路各站區週邊土地及鐵路兩側100公尺內之土地，都將被開發為商業區與豪宅，商機至少數百億元。」這讓拆遷戶越想越不對勁，堅信「中央政府和市府著眼的還是土地利益，這些利益不僅非全然是公共利益，而且還是剝奪民眾財產而來。」
市府溝通過程引質疑 抗爭越演越烈
台南市政府夾在拆遷戶和中央政府之間進行協調，一開始，就被質疑毫無誠意，溝通次數少得可憐，也不重視居民的聲音，未向中央政府強力爭取。為此，台南市政府解釋，都發局曾在民國101年8月與居民進行4場次都市計畫公開展覽說明會。同年10月，自救會成員到市府向市長賴清德陳情，要求以「潛盾工法」，因屬工程技術領域，賴承諾邀學者專家共同檢視行政院核定版本工法是否妥適？
民國102年2月市府在成大召開「工程技術論壇」，自救會派代表並舉薦專家出席，全程在公共頻道全程轉播。同年2月，再應自救會的要求，由賴清德率市府首長與自救會專家學者進行3小時的討論，3月在市府簡報室向仁德區、東區及北區里長、社區發展協會理事長簡報市府的評估意見，台南市都市計畫審議委員會專案小組也在5月請居民列席會議表達意見。待「專案照顧住宅方案」在8月規劃底定後，賴清德親自帶領市府團隊至各區里舉行說明會，向拆遷戶報告。
但拆遷戶自救會認為，市府的做法只是虛應故事，面對外界質疑，市府完全不予正面回應，還繼續加速土地徵收的行政程序，暗助中央政府，拒絕拆遷戶依據釋憲文要求召開公聽會的要求，都市計畫委員會審查會議中也只讓居民出席1次，還限時表達3分鐘，更在今年3/12舉行記者會公布繼續推行鐵路地下化政策。
「賴清德之所以態度如此強硬，是否和賴許之爭有關？」有地方政壇人士和拆遷戶懷疑賴清德和許添財向來不睦，原來強力爭取鐵路地下化工程的卸任市長許添財轉任立委後，竟幫拆遷戶抗爭，賴清德可能因此更加不滿，與拆遷戶溝通的動力因而減弱。
市府近來強調要用「專案照護安置方案」保障拆遷戶，鐵改局人員則勸說拆遷戶當成「做功德」。但很多拆遷戶一想到原本住在最市中心的地方，若搬到目前還未開發的市郊，將相當不便。而且很多拆遷戶已經年邁，搬遷困難且無意義。拆遷戶強調：「要我們做功德可以，但要我們做功德，卻讓一堆人牟利，誰會心甘情願做功德？」
為減少拆遷戶的質疑，市府表明「永久軌、既有軌新舊廊道將合併規劃為公園道，成為20至40米貫穿市區南北向重要幹道，並依據工程設計，於路面上容納通風口、逃生梯、抽水機房等設施，並非用於開發牟利。」但能否獲中央政府認同，尚有變數，市府還向媒體透露，「補償」是主要爭議，質疑自救會抗爭的動機，更讓雙方互信全無。
拆遷戶最後將底線定為「同意讓政府徵地借用，鐵軌下的永久軌完成後，再還地於民」，如此一來，除了兼顧公共建設，保障拆遷戶權益，也可以讓各界清楚拆遷戶「只談人權、不談補償」的訴求。
大埔事件全國矚目 拆遷戶抗爭層級拉高
更令拆遷戶不滿的是，大埔徵地拆屋事件演變成全國大事，民進黨的公職人員不斷砲轟中央與苗栗縣政府，黨主席蘇貞昌更強力聲援受害居民，但面對賴清德執政的台南，同樣配合中央徵地迫遷，民進黨卻視而不見，連拆遷戶北上民進黨中央抗爭時，也被拒於門外，僅派副秘書長向媒體發表幾句敷衍的場面話。
拆遷戶認為，捍衛人權對抗獨裁是民進黨創黨以來的基本價值。弔詭的是，民進黨執政下的鐵路地下化拆遷戶之基本人權，卻被刻意忽視。其實該案與苗栗大埔案、竹東二重埔案、林口A7案、桃園鐵路高架化案等不當土地徵收案一樣，都是政府為謀取土地利益，在缺乏土地徵收的必要性下，以公權力對百姓進行的財產掠奪。土地徵收是公權力剝奪人民財產的強制手段，涉及對生存權、人格權、家的認同、歸屬與自由的剝奪，並非僅是補償多寡的問題，民主憲政國家皆儘量不進行土地徵收。
就在拆遷戶自救會積極串聯大埔、竹東二重埔案、林口A7案、桃園鐵路高架化案等自救會，進行全國性的抗爭時，台南市政府也提出澄清，指台南市鐵路地下化計畫與苗栗大埔農地徵收完全不同，因為大埔案所徵收的土地劃設為廠商設廠用地、住宅區與商業區；台南鐵路地下化沿線協議價購或徵收的土地用途為重大交通建設，無所謂徵地開發、圖利財團情事，現有鐵路用地騰空後土地，在都市計畫核定本中已標示為主要公園道。而且苗栗縣府僅辦理徵收補償，台南市政府則要求交通部儘量與居民協議價購，另提供專案照顧住宅方案，於東區興建照顧住宅，供拆遷戶以優惠條件選購，解決居住問題。
民進黨市黨部主委意外捲入 醞釀派系鬥爭？
「英國早年興建一條鐵路時，因路線經過古蹟和民宅，和人民足足協調近30年，取得人民認同，官民才一起開心完成鐵路興建。難道在台灣，尤其是台灣民主發源地的台南，不能有更好的溝通方式？」兼任民進黨台南市黨部主委的台南市議員蔡旺詮這樣說。
台南鐵路地下化的爭議，不僅牽扯到賴許之爭，也引發接手「台南都會報」的蔡旺詮，和賴清德產生嚴重對立。
在這次鐵路地下化風波中，一開始，還有許多民代發聲，但衡量多數市民企盼鐵路地下化後的發展，在多數選票和拆遷戶僅有的數百張選票之間，大多選擇冷眼旁觀，但學運出身的蔡旺詮卻堅信政府和拆遷戶應該可以溝通取得最佳決解方案，而不斷幫拆遷戶發聲。無奈雙方始終僵持不下，他也激起賴清德的對立感。
正巧，蔡旺詮接手「台南都會報」，該報編輯群是一群擇善固執的文藝工作者，當編輯決定撰文抨擊賴清德處理鐵路地下化問題時，蔡曾拜託採用緩和立場分析即可，最後拗不過編輯群的堅持，印出來的台南都會報仍以火辣的標題和內文呈現，讓賴、蔡的對立更嚴重。據黨內人士透露，賴所屬派系不但透過各方人士勸說蔡，還研議能否以黨紀處分蔡。
雖然鐵路地下化引發種種爭議，但台南市政府仍持續設法為拆遷戶爭取權益，以利工程順利展開，促進台南的發展；拆遷戶則堅持維護他們的基本人權，甚至願意拆屋借地施作臨時軌，但不為政府接受，抗爭行動短期內仍無法止歇；至於民進黨內引發的對立和政情演變，還牽涉未來總統和立委選舉的派系之爭，則恐怕還有持續發酵的可能。
